2024年3月29日,江西农业大学黄路生院士团队利用292只猪肝脏的组蛋白H3第27位赖氨酸乙酰化(H3K27ac)的ChIP-seq数据注释了90991个高质量调控元件。结合基因组重测序和RNA-seq数据,共鉴定出28425个H3K27ac数量性状位点(acQTL)和12250个表达数量性状位点(eQTL)。通过等位基因不平衡分析在独立数据集中验证了两个因果性...
染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理:甲醛处理细胞...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
关于ChIp-seq: 指的是结合位点分析法,作为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 流程: ...
对ChIP测序(ChIP-seq)数据的分析显示了×20的基因组覆盖深度。 绘制基因组上每个位置的序列覆盖范围,以确定拟南芥基因组中的峰。基因区域的峰分析表明,大部分序列峰位于翻译起始位点上游的1.5kb区域,包括5'-UTRs和启动子区域。去除阴性对照中序列峰相似的基因后,在84个基因的内含子、60个基因的3'-UTRs和1902个...
Motif(基序)分析:在ChIP-seq数据分析中,motif分析是一项重要的分析内容。通过motif分析,我们可以对转录因子结合位点的序列模式有进一步的了解,那么什么是motif呢?蛋白质发挥功能的基本单元是domain,是一种特殊的三维结构,不同结构的domain与其他分子特异结合从而发挥功能。与此类似,转录因子在与DNA序列结合时,其结合位点...
上一讲我们介绍了一文讲明白ChIP-seq(上):高分文章里为什么做ChIP-seq?,这一讲我们就要实践了,具体来跟着流程解读一下ChIP-seq的图。 得到了测序结果,后续就是分析,大体上分为4步: 一、测序数据质量控制 二、序列比对 三、Peak calli...
Chip-seq数据分析完整结果的实现流程 导言 在进行Chip-seq数据分析之前,我们需要明确Chip-seq分析的目的以及所需的数据和工具。Chip-seq是一种用于研究染色质上与蛋白质结合的区域的技术,通过该技术可以对转录因子、组蛋白修饰等进行定位和研究。本文将介绍基本的Chip-seq数据分析流程,并提供相应的代码。