chip_seq发展了这么多年,已经积累了大量的实验数据和分析结果,公共数据库很多 ENCODE project项目简介 FactorBook:人和小鼠转录因子chip_seq数据库 GTRD:最全面的人和小鼠转录因子chip_seq数据库 ChIP-Atlas:基于公共chip_seq数据进行分析挖掘 Cistrom...
点击搜索结果的Model,详细信息中除了展示具体的转录因子ID,model名称,model类型,motif logo,家族及评分等之外,HOCOMOCO还提供了相关model的位置频率矩阵(PFM),位置权重矩阵(PWM),比对到的序列,筛选阈值,相关TF的GTEx表达数据和ReMap ChIPseq数据列表,以及其在JASPAR数据库中的链接。motif logo的每一列表示每个位置,碱基...
下面步入正题,这套流程从ChIP-实验、测序注意事项、测序深度,到分析整体流程,再到每一步如序列比对,富集效率评估、热图、峰图可视化,deeptools2使用、peak calling和motif分析等。
HOCOMOCO是专为研究人类和小鼠设计的数据库，基于对超过5000个针对两者转录因子的实验收集的14000多个ChIP-Seq数据集，通过系统化的基序发现和交叉验证，揭示了人类和小鼠转录因子的结合模型。HOCOMOCO目前汇集了680个人类和453个鼠的结合模型，包含了1302个单核苷酸和576个二核苷酸的位置权重矩阵。这大规模的...
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百度试题 结果1 题目存放ChIP-seq分析得到的结合位点/区域信息的数据库属于二级数据库。()A、对B、错 相关知识点: 试题来源: 解析 A
HOCOMOCO是专门研究人和小鼠的数据库,团队从超过5000个针对人类和小鼠转录因子的实验中获得的14000多套ChIP-Seq数据集,基于系统化的基序发现和交叉验证,展示了人类和小鼠转录因子结合模型。目前,HOCOMOCO 共收集了680个人和453个鼠转录因子的结合model,其中包含1302个单核苷酸和576个二核苷酸的位置权重矩阵。这种大规模的...
HOCOMOCO是专门研究人和小鼠的数据库,团队从超过5000个针对人类和小鼠转录因子的实验中获得的14000多套ChIP-Seq数据集,基于系统化的基序发现和交叉验证,展示了人类和小鼠转录因子结合模型。目前,HOCOMOCO 共收集了680个人和453个鼠转录因子的结合model,其中包含1302个单核苷酸和576个二核苷酸的位置权重矩阵。这种大规模的...