染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理:甲醛处理细胞...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性更大,从而鉴定出靶蛋白binding的 motif。 基本上这就是ChIP-seq的全部流程,...
在“ChIP-seq reveals broad roles of SARD1 and CBP60g in regulating plant immunity”一文中,作者通过染色质免疫沉淀测序发现,转录因子SARD1和CBP60g与大量编码植物免疫关键调控因子的基因启动子区结合。具体结果如下: 在自身启动子下表达SARD1-HA融合蛋白的sard1 cpb60g突变株中,病原体诱导的ICS1表达恢复到与c...
3.用fastqc看数据质量 关于ChIp-seq: 指的是结合位点分析法,作为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。
研究使用染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)对pho调控元件进行高分辨率的全基因组分析。研究对一组已知的pho调控基因进行分析和扩展,并鉴定出许多基因内PhoB结合位点。分析结果显示,绝大多数基因内PhoB结合位点不保守,且与可检测的调控功能无关。本研究数据表明,单个基因内PhoB位点无功能,转录因子可以...
Chip-seq数据分析完整结果的实现流程 导言 在进行Chip-seq数据分析之前,我们需要明确Chip-seq分析的目的以及所需的数据和工具。Chip-seq是一种用于研究染色质上与蛋白质结合的区域的技术,通过该技术可以对转录因子、组蛋白修饰等进行定位和研究。本文将介绍基本的Chip-seq数据分析流程,并提供相应的代码。
Motif(基序)分析:在ChIP-seq数据分析中,motif分析是一项重要的分析内容。通过motif分析,我们可以对转录因子结合位点的序列模式有进一步的了解,那么什么是motif呢?蛋白质发挥功能的基本单元是domain,是一种特殊的三维结构,不同结构的domain与其他分子特异结合从而发挥功能。与此类似,转录因子在与DNA序列结合时,其结合位点...
CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: ■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异...