ChIP-seq流程图1. DNA与蛋白质交联:细胞通透性增强,甲醛溶剂使目的蛋白与DNA交联。细胞裂解提取核DNA; 2. 染色体片段化处理:使用超声破碎或者微球菌核酸酶进行消化,取部分破碎产物解交联,凝胶电泳检测总DNA…
ChIL(chromatin integration labelling),即染色质集成标签技术,可同时用于研究转录因子结合位点以及DNA的开放性,起始细胞用量为100-1000个细胞。ChIL-seq 避免了传统ChIP-seq技术中由于抗体沉淀所带来的回收率低的缺陷,尤其适用于贴壁细胞。对于活跃的组蛋白标记如H3K4me3 ,H3K27ac,起始细胞用量甚至可降低至单细胞水平。[...
此文为Chip-seq报告的解读文件: 以下红字灰色背景为每一小节的结果解读信息 结果解读位于每一小节末尾 1. 工作流程 染色体免疫共沉淀(ChIP)是一种用于研究蛋白质与 DNA 的体内相互作用的经典实验技术。采用特异性抗体将目的蛋白进行免疫沉淀,由此可以把目的蛋白所结合的基因组 DNA 片段也富集下来。通过与高通量测序技...
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新手，刚做完一个ChIP-Seq项目的分析，来记录一下，会分好几篇。首先是下机数据fastqc之后会生成一个html格式的报告，根据报告可以看出自己数据的特点，便于之后clean的参数设置。以下是fastqc（v0.11.5）报告的内容说明（以自己的数据为例，经公司粗过滤后的下机数据）有网上搜索到的也有自己的体会：...
ChIP-Seq文献数据重新分析解读第一例 文章是:Genome-wide maps of H3K4me2/3 in prostate cancer cell line LNCaP,数据在GEO可以下载。GSE20042,下面的所有分析,需要26G的空间。 作者想看看用 dihydrotestosterone (雄激素)处理了 cancer cell line LNCaP 这个细胞系之后,看看组蛋白甲基化修饰变化,主要是看H3K4me2...
新手,刚做完一个ChIP-Seq项目的分析,来记录一下,会分好几篇。 首先是下机数据fastqc之后会生成一个html格式的报告,根据报告可以看出自己数据的特点,便于之后clean的参数设置。以下是fastqc(v0.11.5)报告的内容说明(以自己的数据为例,经公司粗过滤后的下机数据)有网上搜索到的也有自己的体会: ...
1. ChIP-seqChIP-seq是结合染色质免疫沉淀和高通量测序的技术，用于检测特定DNA关联蛋白的位置。它通过抗体筛选目标蛋白与DNA的结合位点，涉及组蛋白修饰和转录因子调控。1.1 组蛋白修饰：组蛋白的N端尾部修饰（如甲基化、磷酸化、乙酰化等）影响染色质构型，从而影响基因表达。例如，H3K4me1与增强子区...
写在前面:《一篇文章学会ChIP-seq分析(上)》《一篇文章学会ChIP-seq分析(下)》为生信菜鸟团博客相关文章合集,共九讲内容。带领你从相关文献解读、资料收集和公共数据下载开始,通过软件安装、数据比对、寻找并注释peak、寻找motif等ChIP-seq分析主要步骤入手学习,最后还会介绍相关可视化工具。
本研究通过整合RNA测序、蛋白质组学分析、ChIP-seq、ATAC-seq数据以及实验验证,有力地支持了如下理论:AP2XII-1和AP2XI-2蛋白能够形成同源或异源二聚体,并通过与裂殖子基因启动子区域结合,进而招募MORC和HDAC3蛋白,最终实现对速殖子中裂殖子特异性基因的沉默。具体而言,MORC能够进一步组装成二聚体结构,在拓扑结构...