ChIP-seq流程 重点看一下数据分析的部分 1、peak calling peak calling:查找DNA结合位点的步骤我们叫做peak calling 首先我们来看一下什么是peak:基于我的理解,peak就是reads峰,因为我们检测的就是和转录因子结合的区域,比对到参考基因组时,reads富集的地方的基因就是蛋白结合的基因。 2、peak注释 所谓的peaks注释,...
接前面文章:ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 前面已经把pipeline跑完了,但是关于结果的解读还是不清楚,这里来深入探讨一下。 复习: pipeline:https://github.com/ENCODE-DCC/chip-seq-pipeline2 大致流程图:https://www.encodeproject.org/pipelines/ENCPL272XAE chip-seq教程:Introduction to ...
生信基础：ChIP-seq流程与结果解读ChIP-seq实验流程主要包括以下步骤:1. DNA与蛋白质交联: 通过细胞渗透性增强和甲醛处理，目标蛋白与DNA发生交联，随后进行细胞裂解和核DNA提取。2. 染色体片段化: 通过超声破碎或核酸酶消化，将染色体片段化。实验组使用超声产物与抗体-磁珠结合，对照组则直接解交联DNA。3...
ChIP-seq 是一种研究蛋白质与DNA相互作用的技术，其流程涉及多个步骤:交联与提取: 使用甲醛增强细胞通透性，目标蛋白与DNA交联，随后裂解并提取核DNA。片段化与免疫沉淀: DNA通过超声或酶消化片段化，实验组与抗体结合形成复合物，对照组则直接解交联。沉淀后，通过蛋白酶和盐处理去除非特异性片段。测序与...
前面已经把pipeline跑完了,但是关于结果的解读还是不清楚,这里来深入探讨一下。 复习: pipeline:https://github.com/ENCODE-DCC/chip-seq-pipeline2 大致流程图:https://www.encodeproject.org/pipelines/ENCPL272XAE chip-seq教程:Introduction to ChIP-Seq using high-performance computing ...