染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理:甲醛处理细胞...
更新一下ChIP-Seq数据分析的总结,前两天才发现我放在知乎上的ChIP-Seq数据分析方法还是我刚读研那会写的,写得比较详细但对很多操作的理解不如现在深,所以打算再发一篇。SE型是Single End的缩写,是指单端测序;PE是指Pair End双端测序,因为DNA是双链结构,所以我们捕获的DNA片段是一对反向互补序列,我们可以只测其中...
通过对ChIP-seq数据分析图的深入理解,研究人员可以更好地揭示基因调控机制,为后续的生物学研究提供有力支持。
表1:ChIP-seq鉴定的PhoB结合区域列表 图3:ChIP-seq和ChIP-ChIP数据集比较分析 本研究ChIP-seq数据和已发表的ChIP-ChIP数据集之间的共有区域中,每个ChIP-seq peaks周围100 bp区域显著富集的DNA序列motif。 本研究ChIP-seq数据的特异性区域,每个ChIP-seq peaks周围100 bp区域显著富集的DNA序列motif。 (2)pho调控元...
1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP )也称结合位点分析法,研究体内蛋白质与DNA相互作用的一种方法,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-seq技术 ,能高效的在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA片...
首先是ChIP-Seq分析的前言介绍部分: 1:了解ChIP-seq的实验流程 2:继续了解ChIP-Seq 3:关于ChIP-Seq的实验对照与偏差来源 4:ChIP-Seq的实验设计补充 5:ChIP-Seq数据库及实战数据介绍 然后开始实战部分: 6:ChIP-Seq计算资源准备与实战数据下载 7:ChIP-Seq数据质控和过滤 ...
染色质免疫沉淀测序 (ChIP-seq)、DNA 亲和纯化测序 (DAP-seq) 和 RNA-seq 联合分析鉴定MeGI的靶标基因,结果表明MeGI通过调节昼夜节律相关基因(如TOC1、FKF1、PRR5、ELF4和BBX13)的表达来调控花芽的分化。此外,还通过EMSA验证了MeGI与GRP3和WRKY28启动子区的结合作用。
新手,刚做完一个ChIP-Seq项目的分析,来记录一下,会分好几篇。 首先是下机数据fastqc之后会生成一个html格式的报告,根据报告可以看出自己数据的特点,便于之后clean的参数设置。以下是fastqc(v0.11.5)报告的内容说明(以自己的数据为例,经公司粗过滤后的下机数据)有网上搜索到的也有自己的体会: ...
生信基础：ChIP-seq流程与结果解读ChIP-seq实验流程主要包括以下步骤:1. DNA与蛋白质交联: 通过细胞渗透性增强和甲醛处理，目标蛋白与DNA发生交联，随后进行细胞裂解和核DNA提取。2. 染色体片段化: 通过超声破碎或核酸酶消化，将染色体片段化。实验组使用超声产物与抗体-磁珠结合，对照组则直接解交联DNA。3...