另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落...
另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将...
目前ChIP-seq和转录组有完整的关联分析内容,其他个性化分析可以给客户进行评估,相关内容联系销售。 图2 ChIP-seq分析路线图 通过ChIP-seq数据与基因表达进行关联分析,可以进一步研究组蛋白修饰/转录因子是如何调控下游基因。基于多组学文章中的应用场景和经验,诺禾致源搭建了内容丰富的ChIP-seq与转录组关联分析流程,以助...
PhoB结合位点相对于ChIP-seq peaks中心区域位点分析。 ChIP-seq鉴定的PhoB结合位点的基因组背景饼图。“基因内和上游”位点是基因内但注释基因起始上游<200bp位点。 表1:ChIP-seq鉴定的PhoB结合区域列表 图3:ChIP-seq和ChIP-ChIP数据集比较分析 本研究ChIP-seq数据和已发表的ChIP-ChIP数据集之间的共有区域中,每个C...
示例结果图片如下: ChIP-seq得到的信号峰peak在染色质上的分布谱 ChIP-seq analysis showing genome-wide distribution of SMC3 in trophozoites. (a) SMC3 distribution across all 14 chromosomes. The blue box indicates the location of the centromere on each chromosome. The regions depicted in (b) are ...
Chip-seq数据分析图主要有几种类型,包括峰图(Peak Plot)、热图(Heatmap)、覆盖图(Coverage Plot)、元基因组图(Metagene Plot)和环形图(Circos Plot)。每种图表有不同的用途和特点,可以帮助研究人员从不同角度理解数据。 峰图(Peak Plot):这种图表最常见,用于展示DNA片段在基因组上特定区域的富集情况。峰值的高...
1.甲醛交联对后续结果分析的影响? 自从Orlando V等人首次发明了ChIP技术,十几年后核心步骤仍无大变化。然而,ChIP-seq技术实际存在一定的缺陷,例如甲醛交联。甲醛虽然是一种高度渗透的交联剂,但由于其反应活性仅限于胺,因此其交联效率较低;对哺乳动物细胞而言,其最大交联效率仅为1%。因此甲醛交联细胞所需的起始量很...
ChIP测序中的input有多重要?实验、数据分析都离不了(续) ChIP作图千万张,Reads分布第一张 核酸-蛋白互作服务领跑者 专业ChIP-seq、RIP-seq、MeRIP-seq服务 武汉康测科技有限公司 地址:武汉市东湖高新技术开发区高新大道666号光谷生物城C1栋 电话:027-65527552 ...
ChIP-seq结果绘图经典R包-ChIPseeker 导语 GUIDE ╲ ChIPseeker包的原创者是南方医科大学Y叔大佬,设计的最初目的是用于ChIP-seq数据的macs peak calling结果分析以及结果可视化,后来逐渐也适用于相关的peak分析(ATAC-seq,DNase-seq)。 背景介绍 今天小编给大家带来的是ChIP-seq数据分析中必备的R包--ChIPseeker的使用...
ChIP下游荧光定量PCR的结果图 3、DNA微阵列芯片(ChIP-on-chip) 此方法已经基本被功能强大的二代测序所淘汰了。 4、二代测序(ChIP-Sequence) 用于全基因组范围内的筛选和发现全部位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平。 示例结果图片如下: ChIP-seq得到的信号峰peak在染色质上的分布谱 ...