bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x /home/user/chipdata/arabidopsisindex -U IGG.fastq | samtools sort -O bam -o /home/user/chipdata/aligned/IGG.bam & #比对对照试验数据至参考基因输出BAM文件到指定目录/home/user/chipdata/arabidopsisindex是index文件指示前缀,chip.fastq是测序数据,/home/user/chip...