2、怎么看? 答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-se...
另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将...
chip-seq简单来说就是先进行特定蛋白与基因序列结合的实验,只提取结合到的(捕捉到的)DNA序列并进行测序。因为正常组织细胞(control组)和癌症组织细胞(case 组)的基因调控稍有不同,所以chip-seq结果也会不一样,case组的结果减去control组的结果(可以看成是baskground),就是所有case组独有的结合蛋白基因序列。 * d...
接前面文章:ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 前面已经把pipeline跑完了,但是关于结果的解读还是不清楚,这里来深入探讨一下。 复习: pipeline:https://github.com/ENCODE-DCC/chip-seq-pipeline2 大致流程图:https://www.encodeproject.org/pipelines/ENCPL272XAE chip-seq教程:Introduction to ...
6:ChIP-Seq计算资源准备与实战数据下载 7:ChIP-Seq数据质控和过滤 8:ChIP-Seq数据比对注意事项 9:ChIP-Seq数据比对实战 10:使用ChIPQC进行质控 这次将介绍ChIPQC结果的各个指标含义 内容来自:https://hbctraining.github.io/Intro-to-ChIPseq/lessons/06_combine_chipQC_and_metrics.html ...
2.1. ChIP Sequencing 文库质检结果 文库片段质检,ChIP文库的染色质片段在100-500bp之间,建库加入约140bp的接头后,片段应该分布在250-700bp之间为最好。 Fragment Analyzer (FA)毛细管电泳检测: 检测结果汇总:(以下结果中文库大小为 FA 判定结果) 此节内容为Chip-seq文库构建质检结果展示: ...
生信基础：ChIP-seq流程与结果解读ChIP-seq实验流程主要包括以下步骤:1. DNA与蛋白质交联: 通过细胞渗透性增强和甲醛处理，目标蛋白与DNA发生交联，随后进行细胞裂解和核DNA提取。2. 染色体片段化: 通过超声破碎或核酸酶消化，将染色体片段化。实验组使用超声产物与抗体-磁珠结合，对照组则直接解交联DNA。3...
1.甲醛交联对后续结果分析的影响? 自从Orlando V等人首次发明了ChIP技术,十几年后核心步骤仍无大变化。然而,ChIP-seq 技术实际存在一定的缺陷,例如甲醛交联。甲醛虽然是一种高度渗透的交联剂,但由于其反应活性仅限于胺,因此其交联效率较低;对哺乳动物细胞而言,其最大交联效率仅为1%。因此甲醛交联细胞所需的起始量...
ChIP-seq 是一种研究蛋白质与DNA相互作用的技术，其流程涉及多个步骤:交联与提取: 使用甲醛增强细胞通透性，目标蛋白与DNA交联，随后裂解并提取核DNA。片段化与免疫沉淀: DNA通过超声或酶消化片段化，实验组与抗体结合形成复合物，对照组则直接解交联。沉淀后，通过蛋白酶和盐处理去除非特异性片段。测序与...
通过upsetplot函数和 vennpie交叉使用,可以实现更全面的注释结果展示 library(ggimage)library(ggupset)upsetplot(peakAnno, vennpie=TRUE) 小编总结 ChIPseeker作为一个功能强大表观基因组富集分析包,应用范围不局限于ChIP-seq,还可以扩展到其他各种peak的注释和lncRNA的注释,它的可视化功能也是十分强大。相信小伙伴们也...