ChIP-seq数据分析涉及多个步骤,包括数据预处理、峰值调用、差异分析等。不同的工具和算法在处理数据时可能会产生不同的结果,因此最好结合多种工具进行综合分析,以确保结果的可靠性。 最后,部分研究人员可能会忽视对生物学意义的深度探讨。解读ChIP-seq数据不仅仅是识别结合位点,更重要的是理解这些结合位点在生物学中的...
另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将...
一般chip-seq得到的数据有两组,一个是敲除目标的测序文件,另一个是control测序文件。 3.用fastqc看数据质量 去除接头后,需要查看测序质量,数据好才能进行下一步比对。 fastqc -o outdir -t 6 out.R1.fg.gz out.R2.fg.gz -o 输出路径 -t 线程数量 运行结束后生成两个文件一个.html网页文件,一个是.zip...
上图是一个H3K4me3组蛋白修饰的chip_seq结果,对于input样本,其累计分布曲线接近于对角线,之所以存在一定程度的偏离,是因为文库构建过程中并不是完全随机的,所以input样本也存在了一些富集区域,这些区域就是peak caling过程中的背景;还有一个注意的是,横坐标的起始位置部位0,这代表了基因组的覆盖度,理论上来讲应该是1...
全基因组染色质免疫沉淀测序实验(ChIP-seq)显示,H3K36ac峰位于基因的5'端,主要位于转录起始位点远端的两个核小体上,与基因长度无关。 对于上面的这些结果,具体解析如下:作者首先利用质谱鉴定了lys36是新的乙酰化位点,接着为了验证和扩展质谱结果,作者利用PAGE分离拟南芥花序组蛋白提取物,并用抗H3K36ac的抗体进行...
经过上面的实验后,就到了测序和数据分析的部分。首先建一个DNA片段的测序文库,再通过测序平台进行高通量测序。测序后,将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进行分析。一般来说,测序的原始读取首先通过Fastqc(www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/)或Fastx-toolkit(http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/...
1. ChIPseq reads 比对 在评估读取质量和我们应用的任何读取过滤之后,我们将希望将我们的读取与基因组对齐,以便识别任何基因组位置显示比对读取高于背景的富集。 由于ChIPseq 读数将与我们的参考基因组连续比对,我们可以使用我们在之前中看到的基因组比对器。生成的 BAM 文件将包含用于进一步分析的对齐序列读取。
分析流程 2. 数据结果及生物信息分析 2.1. ChIP Sequencing 文库质检结果 文库片段质检,ChIP文库的染色质片段在100-500bp之间,建库加入约140bp的接头后,片段应该分布在250-700bp之间为最好。 Fragment Analyzer (FA)毛细管电泳检测: 检测结果汇总:(以下结果中文库大小为 FA 判定结果) 此节内容为Chip-seq文库构建质...
1.甲醛交联对后续结果分析的影响? 自从Orlando V等人首次发明了ChIP技术,十几年后核心步骤仍无大变化。然而,ChIP-seq 技术实际存在一定的缺陷,例如甲醛交联。甲醛虽然是一种高度渗透的交联剂,但由于其反应活性仅限于胺,因此其交联效率较低;对哺乳动物细胞而言,其最大交联效率仅为1%。因此甲醛交联细胞所需的起始量...