还有一种结果图,我们在做ChIP-seq的文章里也经常看到,就是转录因子结合序列的logo图: 与转录因子结合的DNA序列位点被称为转录因子结合位点(TFBS),表现出一定的序列变异性,以JASPAR这个数据库为例,JASPAR是转录因子结合位点信息数据库,以posi...
一般chip-seq得到的数据有两组,一个是敲除目标的测序文件,另一个是control测序文件。 3.用fastqc看数据质量 去除接头后,需要查看测序质量,数据好才能进行下一步比对。 fastqc -o outdir -t 6 out.R1.fg.gz out.R2.fg.gz -o 输出路径 -t 线程数量 运行结束后生成两个文件一个.html网页文件,一个是.zip...
bowtie2 -p 6 -q -x /data/chen/Data/reference/index/mm10/mm10 -1 SRR5479623_1.fastq -2 SRR5479623_2.fastq -S /data/chen/Data/GSE98149/chip-seq/h3k9me3/alignment/ESC_rep1.sam & bowtie2 -p 6 -q -x /data/chen/Data/reference/index/mm10/mm10 -1 SRR5479624_1.fastq -2 SRR5...
#以上就ChIP-Seq数据分析的基本流程了,再往下做偏个性化了,可以结合其它ChIP-Seq、RNA-Seq(看与表达量的关系)和ATAC-Seq数据(看与染色质开放分的关系)看看,表观因子间的关系,它们对染色质开放状态的影响以及表达量的影响等,揭示代谢通路解释相应的生物学现象或表型。
ChIP-seq的数据是以read的方式存储的。一个数据集大约翰几百万个read。对于ChIP-seq数据的分析主要应用到包GAlignments,这个包要调用python下的Bioconductor 至于怎么用这个包将Raw数据转化成可以操作的read我在今后会分享给大家,如果感兴趣的也可以一些生物信息学论坛找人交流。 我们先看看一个可以分析的ChIP-seq数据长...
最终的结果表明这6个数据的质量都很好，所以原文并没有进行额外的过滤操作。需要注意的是，在该文献中ein2-5_air_MPGB_1和ein2-5_ethylene_MPGB_1两个阴性对照呈现出reads重复率高的特征 -M 1 --best --strata 的作用是将多比对中得分最高的一条比对记录保留，原文在这里采用的是保留唯一比对...
ChIP-seq测序数据分析 以下程序运行在ubuntu环境。 数据分析过程主要使用测序获得的fastq原始文件进行下一步分析。 下图表示的是通常情况下,一组高通量测序的数据流转流程。 通常的数据流转流程 第一步安装anaconda3 mkdir src #新建SRC文件夹 cd src #进入SRC文件夹~/src$ wget-c https://mirrors.tuna.tsinghua....
1.甲醛交联对后续结果分析的影响? 自从Orlando V等人首次发明了ChIP技术,十几年后核心步骤仍无大变化。然而,ChIP-seq 技术实际存在一定的缺陷,例如甲醛交联。甲醛虽然是一种高度渗透的交联剂,但由于其反应活性仅限于胺,因此其交联效率较低;对哺乳动物细胞而言,其最大交联效率仅为1%。因此甲醛交联细胞所需的起始量...
2. peak分析结果 对于该转录因子相关的数据集,提供了peak结果的下载,基因组浏览器可视化等功能,示意如下 以细胞类型为中心的结果示意如下 除了查看各种转录因子的chip_seq分析结果外,官网还提供了一个注释工具,用于Enrichment分析。上传自己的peak文件,与数据库中已有的转录因子的peak区间进行比较,分析在上传的peak区域中...
2、怎么看? 答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。 " 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-...