染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理:甲醛处理细胞...
另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落...
将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
接下来,作者将DAP-seq鉴定的基因与拟南芥基因组进行比对,以鉴定同源基因。将同源基因与ChIP-seq和RNA-seq联合分析获得的基因进行了比较,找到2个共有基因:GRP3, evm.model.Chr11.1131和WRKY28,evm.model.Chr5.1036,这两个基因在MeGI-OX株系中的表达量均高于对照系,并在雌株和雄株油柿中进行了验证(图7C、D)。...
答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/...
5:ChIP-Seq数据库及实战数据介绍 然后开始实战部分: 6:ChIP-Seq计算资源准备与实战数据下载 7:ChIP-Seq数据质控和过滤 8:ChIP-Seq数据比对注意事项 9:ChIP-Seq数据比对实战 10:使用ChIPQC进行质控 这次将介绍ChIPQC结果的各个指标含义 内容来自:https://hbctraining.github.io/Intro-to-ChIPseq/lessons/06_combin...
1. 片段长度评估 片段长度的预测是 ChIPseq 的重要组成部分，它会影响峰识别、峰识别和覆盖概况。使用...
ChIP-seq测序数据分析 以下程序运行在ubuntu环境。 数据分析过程主要使用测序获得的fastq原始文件进行下一步分析。 下图表示的是通常情况下,一组高通量测序的数据流转流程。 通常的数据流转流程 第一步安装anaconda3 mkdir src #新建SRC文件夹 cd src #进入SRC文件夹~/src$ wget-c https://mirrors.tuna.tsinghua....
简而言之，CHIP-SEQ实验首先确定特定蛋白与基因序列的结合情况，仅提取结合的DNA序列并进行测序。正常组织细胞（control组）与癌症组织细胞（case组）之间基因调控的细微差异，导致CHIP-SEQ结果的不同，case组结果与control组结果的差值，即为特定结合蛋白的基因序列。在CHIP-SEQ分析过程中，首先需要准备和建立...
ChIP-seq 是一种研究蛋白质与DNA相互作用的技术，其流程涉及多个步骤:交联与提取: 使用甲醛增强细胞通透性，目标蛋白与DNA交联，随后裂解并提取核DNA。片段化与免疫沉淀: DNA通过超声或酶消化片段化，实验组与抗体结合形成复合物，对照组则直接解交联。沉淀后，通过蛋白酶和盐处理去除非特异性片段。测序与...