另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将...
染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理:甲醛处理细胞...
将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
这个数据库都是一些ChIP-seq的数据,但是好像都有些老了,都是好几年去年的ChIP-seq数据。我在GEO数据库中能检索到的ChIP-seq数据,在Cistrome Data Browser中确检索不到。但是对我们做实验的来说,已经够了,因为转录因子是相对比较保守的。老数据和新数据...
本研究绘制了转录因子PhoB在大肠杆菌基因组中的结合,揭示了大多数PhoB结合位点都位于基因内。分析结果表明,基因内PhoB结合位点与重叠基因调控无关。数据揭示了细菌可以耐受大量非调控性基因内转录因子结合位点的存在,且这些结合位点不受选择性压力影响。 研究使用染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)对...
假设我们已经有高通量的ChIP-seq结果,需要根据测序结果设计引物。以下是具体步骤: 【1】获取DNA序列: 通过UCSC基因组浏览器获取目标位置的DNA序列。选择相应的基因组版本(如hg38),输入序列位置,即可获得所需的DNA序列。 【2】设计引物: 在Primer-BLAST中粘贴DNA序列,设置PCR模板长度(如250 bp),调整C、...
5:ChIP-Seq数据库及实战数据介绍 然后开始实战部分: 6:ChIP-Seq计算资源准备与实战数据下载 7:ChIP-Seq数据质控和过滤 8:ChIP-Seq数据比对注意事项 9:ChIP-Seq数据比对实战 10:使用ChIPQC进行质控 这次将介绍ChIPQC结果的各个指标含义 内容来自:https://hbctraining.github.io/Intro-to-ChIPseq/lessons/06_combin...
答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/...
ChIP-seq(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing)是一种高通量测序技术,用于研究蛋白质-DNA 相互作用和基因组中的染色质修饰。它结合了免疫沉淀和测序技术,广泛应用于基因组学和表观遗传学研究。 chip-seq的分析流程包括一下步骤: 1. ChIP 实验步骤 1.1 交联和裂解 ...