将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 3、结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP...
染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理:甲醛处理细胞...
另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落...
在“ChIP-seq reveals broad roles of SARD1 and CBP60g in regulating plant immunity”一文中,作者通过染色质免疫沉淀测序发现,转录因子SARD1和CBP60g与大量编码植物免疫关键调控因子的基因启动子区结合。具体结果如下: 在自身启动子下表达SARD1-HA融合蛋白的sard1 cpb60g突变株中,病原体诱导的ICS1表达恢复到与c...
CHIP-SEQ 分析 任务:通过chip-seq结果,寻找转录因子结合位点,并将这些位点关联到基因上。 chip-seq简单来说就是先进行特定蛋白与基因序列结合的实验,只提取结合到的(捕捉到的)DNA序列并进行测序。因为正常组织细胞(control组)和癌症组织细胞(case 组)的基因调控稍有不同,所以chip-seq结果也会不一样,case组的结果...
ChIP-seq分析的可靠性取决于抗体质量,包括特异性和信噪比(S/N)。非特异性抗体-DNA结合的假阳性富集位点可能会干扰分析,因此应使用多种抗体验证ChIP-seq结果。 虽然大多数ChIP-seq工具都是针对特定基因组区域的sharp peaks,如转录起始位点(TSS),但一些组蛋白...
chip-seq数据分析完整结果 Chip-seq数据分析完整结果的实现流程 导言 在进行Chip-seq数据分析之前,我们需要明确Chip-seq分析的目的以及所需的数据和工具。Chip-seq是一种用于研究染色质上与蛋白质结合的区域的技术,通过该技术可以对转录因子、组蛋白修饰等进行定位和研究。本文将介绍基本的Chip-seq数据分析流程,并提供...
ChIP-seq流程 重点看一下数据分析的部分 1、peak calling peak calling:查找DNA结合位点的步骤我们叫做peak calling 首先我们来看一下什么是peak:基于我的理解,peak就是reads峰,因为我们检测的就是和转录因子结合的区域,比对到参考基因组时,reads富集的地方的基因就是蛋白结合的基因。
chip-seq是用来分析蛋白和DNA互作的方法。chip-seq结合染色质免疫共沉淀和高通量测序技术来找到DNA和蛋白的结合位点。它可用于精确定位任何感兴趣的蛋白质在全基因组上的结合位点。 chip-seq主要是用来研究转录因子和别的一些染色质相关蛋白对表型影响的分子机制 ...
ChIP-seq测序数据分析 以下程序运行在ubuntu环境。 数据分析过程主要使用测序获得的fastq原始文件进行下一步分析。 下图表示的是通常情况下,一组高通量测序的数据流转流程。 通常的数据流转流程 第一步安装anaconda3 mkdir src #新建SRC文件夹 cd src #进入SRC文件夹~/src$ wget-c https://mirrors.tuna.tsinghua....