另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落...
染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理:甲醛处理细胞...
关于ChIp-seq: 指的是结合位点分析法,作为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 流程: 获取分析目标的fastq文件 进行质控分析:1. 去除接头 (fast...
更新一下ChIP-Seq数据分析的总结,前两天才发现我放在知乎上的ChIP-Seq数据分析方法还是我刚读研那会写的,写得比较详细但对很多操作的理解不如现在深,所以打算再发一篇。SE型是Single End的缩写,是指单端测序;PE是指Pair End双端测序,因为DNA是双链结构,所以我们捕获的DNA片段是一对反向互补序列,我们可以只测其中...
ChIP-Seq分析和作用 1:ChIP-Seq数据是基因组特异性富集的序列的测序结果,包括组蛋白修饰ChIP-Seq(H3K4me3/启动子相关/narrowpeak、H3K4me1/增强子相关/narrowpeak、H3K27ac/增强子相关/broadpeak)、转录因子ChIP-Seq(CTCF/绝缘子相关/narrowpeak、pol II/转录起始/narrowpeak)、DNA富集序列(DNase-Seq/弱DNA酶消化/...
1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP )也称结合位点分析法,研究体内蛋白质与DNA相互作用的一种方法,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-seq技术 ,能高效的在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA片...
研究使用染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)对pho调控元件进行高分辨率的全基因组分析。研究对一组已知的pho调控基因进行分析和扩展,并鉴定出许多基因内PhoB结合位点。分析结果显示,绝大多数基因内PhoB结合位点不保守,且与可检测的调控功能无关。本研究数据表明,单个基因内PhoB位点无功能,转录因子可以...
在进行Chip-seq数据分析之前,我们需要对原始测序数据进行质量控制。可以使用fastqc工具进行质量控制。 #运行fastqc命令fastqc -o output_dir input.fastq.gz 1. 2. 这里需要将"output_dir"替换为输出目录的路径,"input.fastq.gz"替换为原始测序数据的路径。FastQC会生成一个HTML报告,其中包含了质量评估的结果。
关于染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)研究思路 CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: ■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。