染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。 二、...
# 根据使用的方法选择是否对片段进行延伸,细节注意看官网 # chip-seq: 此处显示的代码用于无对照的chip数据 macs2 callpeak -f BAMPE -g<有效基因组大小>-t<干净的aliged.bam>-n<输出文件名>-q 0.01 --nolambda --nomodel -B --outdir<输出文件位置># ATAC-seq: 此处显示的代码用于无对照的ATAC数据,...
通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,然后对这些DNA片段进行进行高通量测序,最后定位基因组信息,从而获得全基因组范围内组蛋白DNA及染色质修饰等DNA区段信息。 测序流程 通过甲醛使靶蛋白与染色质上目标区域的DNA交联结合,分离染色体,并用超声或酶处理将其打断成小片段(一般200-600bp)。
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lcdb-wf 进行常见的高通量测序分析的工作流和工具的集合,以及相关的基础结构。 请参阅文档。 参考工作流程 DAG参考资料工作流程: RNA-seq工作流程 DAG用于RNA-seq工作流程: ChIP-seq工作流程 DAG for ChIP-seq工作流程:点赞(0) 踩踩(0) 反馈 所需:1 积分 电信网络下载 ...
MobiNova®-S1高通量单细胞分选系统可用于单B细胞筛选流程MobiNova®-S1高通量单细胞分选系统单B筛选优势 筛选平台 物种 B细胞 类型 通量 成本 流式分选 鼠、兔、人 记忆B细胞 >106 低 Beacon 鼠 浆细胞 104 高 MobiSort 鼠、兔、人 浆细胞 和记忆B细胞 106 低 MobiNova®-S1高通量单细胞分选系统...
图2:ChIP-seq信息分析流程示意图 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是read的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一行的信息相同;第四行是碱基...
图2:ChIP-seq信息分析流程示意图 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是read的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一行的信息相同;第四行是碱基...
图2:ChIP-seq信息分析流程示意图 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是read的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一行的信息相同;第四行是碱基...