染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。 二、...
在ChIP-seq实验中，通常倾向于采用单端reads，因为ChIP-seq产生的DNA片段长度通常在200-600碱基对之间，这一长度相较于转录组测序所使用的片段要短得多。尽管在2015年之前，测序技术主要局限于短读长（最多36个碱基），但近年的技术进步已能支持长达100个碱基对的读长。至于ChIP-seq分析所需的读取次数，则因靶标...
10使用DROMPAplus进行ChIP-seq分析 图4显示了由DROMPAplus生成的组蛋白修饰的归一化读取分布。这是DROMPA的更新,DROMPA是一种ChIP-seq管道工具,可满足各种需求,包括质量检查,归一化,统计分析和多个ChIP-seq样本的可视化。DROMPA可用于任何基因组序列可用的物种,并已应用于人类小...
ChIP-seq服务流程 客户在线下单——订单/实验材料确认——细胞培养——1%甲醛交联蛋白-DNA复合物——超声打断蛋白-DNA复合物——抗体沉淀蛋白-DNA复合物——解交联并纯化DNA片段——文库构建——Hiseq上机测序、数据质控 其中文库构建流程：（1）DNA片段末端修复；（2）3’端加A碱基；（3）连接测序接头；（4）PCR...
图1:ChIP-seq实验和分析工作流程。(A)样品制备和测序;(B)ChIP-seq标准分析流程。 (1)环境设置(Environmental setup) NGS分析的计算工具通过各种计算机语言编写,例如C++,R,Python,Java和Perl语言。每种语言都需要不同的设置方法。大多数在Linux系统上执行,也...
chip-seq的分析流程包括一下步骤: 1. ChIP 实验步骤 1.1 交联和裂解 交联:使用化学交联剂(如甲醛)将蛋白质与 DNA 交联在一起。 裂解:用裂解缓冲液破碎细胞膜,释放染色质。 1.2 染色质剪切 剪切:使用超声波或酶处理将染色质剪切成小片段(通常在 200-500 bp 范围内)。
ChIP-Seq的原理是通过ChIP特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建，然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。图 ChIP-seq分析工作流程示意图。（A）样品制备和测序；（B）规范...
首先要看一下ChIP-seq数据的质量,数据的信号最好比background要强很很多。一般要有control,这样call peaks更准确可信, control主要有Input DNA 和 IgG两种,前一种更常用。 检测质量的一些方式: 1). peaks中reads的数量,如果peaks的reads普遍较少,则质量一般。 2). peaks信号高,背景低。 3). 测序深度深 。 4...
### CHIP-seq实验流程 CHIP-seq实验可以分析特定蛋白质结合的基因位点,从而探究蛋白质与基因表达的关系。以下是CHIP-seq实验的详细步骤:1️⃣ 交联:使用交联剂将蛋白质与其结合的DNA紧密结合。交联是非特异性的,所以所有与DNA结合的蛋白质都会紧密结合。2️⃣ DNA片段化:将长片段的DNA打成小片段(约200bp)...