染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。 二、...
ChIP-Seq是将染色质免疫共沉淀技术与第二代测序技术相结合，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、...
4️⃣ 解交联与纯化:通过蛋白酶消化蛋白,使 DNA 与蛋白分开,纯化得到染色质免疫沉淀的 DNA 片段。 5️⃣ 建库与测序:将 DNA 小片段加上接头,进行二代测序。测序结果就是靶蛋白结合的小片段序列。 📈 结果分析: 测序结果匹配到参考基因组后,可以看到靶蛋白结合的峰(Peak)。峰的高低代表该位置蛋白结合...
ChIP-seq原理:首先利用甲醛将蛋白质和DNA交联形成复合物,再对样本裂解液使用超声破碎或者酶切进行DNA片段化,接着使用目的蛋白抗体富集蛋白质-DNA复合物,纯化出DNA并进行文库构建,然后对文库进行高通量测序,对测序的数千万reads进行分析,在全基因组范围内获得组蛋白修饰位点和转录因子结合位点信息。 ChIP-seq能用于那些...
ChIP-seq是一种结合了染色质免疫共沉淀技术和二代测序的分析方法，主要用于研究蛋白质与DNA的相互作用。ChIP-seq包括两大类应用：TF ChIP和Histone ChIP。其原理流程为：1. Crosslinking：通过甲醛固定目标蛋白与染色质，确保结合稳定性。2. 细胞裂解提取核DNA，进行超声打断或核酸酶消化，形成DNA片段。3...
以下是ChIP-seq的建库方法: 1.样本准备:首先,需要准备待检测的细胞样本,并将其进行处理,以使蛋白质与DNA分离。 2.染色质免疫沉淀:使用特定的抗体对目标蛋白质进行免疫沉淀,同时将DNA与蛋白质分离。 3.文库构建:将纯化的DNA片段进行末端修复、加尾和连接接头等操作,构建成可用于测序的文库。 4.测序:将构建好的...
Chip-seq实验流程 ChIP-Seq技术包括两部分:建库和测序,建库和测序的质量对于后续分析尤为关键,但是建库前ChIP实验的设计也同样重要。从实验的操作来讲ChIP主要分为两大类,一类是X-ChIP,一类是N-ChIP。其中N-ChIP不涉及甲醛交联,更适合那些和DNA有强相互作用的蛋白ChIP-seq实验,主要就是组蛋白;而X-ChIP采用甲醛交联...
ChIP-seq 建库测序 染色体免疫共沉淀建库测序流程 ChIP-seq 建库流程 a.甲醛交联整个细胞系使得目标蛋白与染色质紧密连接 b.使用超声波或者MNase酶降解等方法将基因组DNA打成小片段 c.添加与目标蛋白特异的抗体进行孵育,与目标蛋白形成免疫沉淀结合复合物结合在beads上 ...