染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。
4、给这些DNA小片段加上接头,建库,然后进行二代测序,测出来的也就是靶蛋白结合的小片段。 这样测序得到的 DNA 片段匹配映射到参考基因组,这些DNA片段其实是随机的,靶蛋白结合的片段越多,测序获得的数据就越多,那么在该位置检测到 DNA 片段堆叠就会越高,反之如果没有蛋白结合,在该位置就会几乎没有DNA 片段堆叠,...
1.ChIP-Seq的测序原理是什么? ChIP-Seq是将染色质免疫共沉淀技术与第二代测序技术相结合,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段的技术手段。通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,利用生物...
ChIP-seq原理:首先利用甲醛将蛋白质和DNA交联形成复合物,再对样本裂解液使用超声破碎或者酶切进行DNA片段化,接着使用目的蛋白抗体富集蛋白质-DNA复合物,纯化出DNA并进行文库构建,然后对文库进行高通量测序,对测序的数千万reads进行分析,在全基因组范围内获得组蛋白修饰位点和转录因子结合位点信息。 ChIP-seq能用于那些...
ChIP-seq 建库测序 染色体免疫共沉淀建库测序流程 ChIP-seq 建库流程 a.甲醛交联整个细胞系使得目标蛋白与染色质紧密连接 b.使用超声波或者MNase酶降解等方法将基因组DNA打成小片段 c.添加与目标蛋白特异的抗体进行孵育,与目标蛋白形成免疫沉淀结合复合物结合在beads上 ...
ChIP-seq实验原理一览图 操作步骤如下: 一、DNA文库构建 1、DNA片段粘性末端补平修复 2、5'端加磷酸基团及3'端加A 3、加测序用接头Adaptors 4、建库PCR扩增 5、DNA文库PCR产物纯化 用本试剂盒制备的免疫富集的DNA片段样本可用于ChIP-seq。要构建下游NGS测序用的DNA文库,请使用与您的下游测序平台相容的DNA文库...
对于chip-seq的数据分析,核心是检测富集到的DNA在基因组上的位置称之为peak, 分析的示意图如下 理论上来讲,富集到的DNA在基因组上的测序深度会相对较高,通过分析基因组上的测序深度的分布,就可以找到这些区域。实际建库中由于片段分布的不均一,会存在某些非特异性结合位点也出现类似的峰型,这就是需要通过设定对照...
ChIP-seq是一种结合了染色质免疫共沉淀技术和二代测序的分析方法，主要用于研究蛋白质与DNA的相互作用。ChIP-seq包括两大类应用：TF ChIP和Histone ChIP。其原理流程为：1. Crosslinking：通过甲醛固定目标蛋白与染色质，确保结合稳定性。2. 细胞裂解提取核DNA，进行超声打断或核酸酶消化，形成DNA片段。3...
图1. CUT&Tag原理图 CUT&Tag VS ChIP-Seq 所需细胞数107下降到102,甚至单细胞水平 CUT&Tag可以对极少量细胞(60个细胞)进行操作,实现单细胞测序。Protein A-Tn5在细胞内进行核酸切割,PCR之前的反应都在细胞内进行。 图2. 单细胞CUT&Tag测...