染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。 二、...
二、分析流程概述 ATAC-Seq和Chip-Seq都是对特定基因组区域进行的测序方法,在分析流程上有很大的相似性,因此在这一节同时介绍一下两者的分析方法。 分析流程.png Tips:这里先介绍一下上游的分析流程,在数据的质控和比对方面所有组学均大同小异。 2.1 指控与过滤:trim_galore ...
通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,然后对这些DNA片段进行进行高通量测序,最后定位基因组信息,从而获得全基因组范围内组蛋白DNA及染色质修饰等DNA区段信息。 测序流程 通过甲醛使靶蛋白与染色质上目标区域的DNA交联结合,分离染色体,并用超声或酶处理将其打断成小片段(一般200-600bp)。
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进行常见的高通量测序分析的工作流和工具的集合,以及相关的基础结构。 请参阅文档。 参考工作流程 DAG参考资料工作流程: RNA-seq工作流程 DAG用于RNA-seq工作流程: ChIP-seq工作流程 DAG for ChIP-seq工作流程: 所需:1积分电信网络下载 爆速测试讨论参考文献.zip ...
三、染色质免疫共沉淀(ChIP-seq)信息分析流程 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是read的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一行的信息相同;...
图2:ChIP-seq信息分析流程示意图 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是read的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一行的信息相同;第四行是碱基...