ChIP实验建库完成,就需要进行测序了,那么测序选择什么策略及平台可以根据实际情况进行选择,这里我们就不再进行赘述。 建库后,测序量的要求是怎么评估的呢? 是越多越好?钱多的可以考虑啊,大部分基于经费考量,我们测够数据量就行,至于最低标准,我们来看看ENCODE上怎么说。 目前ENCODE计划上,已经公布了很多人、鼠的ChIP...
ChIP-Seq测序..不同DNA结合蛋白或者组蛋白修饰在基因组上的分布差异很大,因此通过ChIP-Seq对这些DNA结合蛋白或者组蛋白修饰进行研究对测序数据量的要求也有很大的差异。转录因子等反式作用因子的测序数据量要求10
在ChIP的基础上,用二代测序检测ChIP实验的DNA产物,将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或...
因此建议针对同一感兴趣蛋白测试不同的抗体,通过Western blot检测knock-down前后的差异帮助选择。 (2)测序数据量 为了捕获所有真实的结合位点,而我们看不见摸不着,只能通过测序的reads去计算来帮助判断,因此测序reads的数量是一个决定因素。 需要多少reads呢? 这个取决于基因组的大小和感兴趣因子的结合方式(sharp regio...
(2)测序数据量 为了捕获所有真实的结合位点,而我们看不见摸不着,只能通过测序的reads去计算来帮助判断,因此测序reads的数量是一个决定因素。 需要多少reads呢? 这个取决于基因组的大小和感兴趣因子的结合方式(sharp regions for TFs and broad regions for histone marks)。哺乳动物中,鉴定TFs至少要满足10-20M,broa...
(2)测序数据量 为了捕获所有真实的结合位点,而我们看不见摸不着,只能通过测序的reads去计算来帮助判断,因此测序reads的数量是一个决定因素。 需要多少reads呢? 这个取决于基因组的大小和感兴趣因子的结合方式(sharp regions for TFs and broad ...
在ChIP的基础上,用二代测序检测ChIP实验的DNA产物,将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 本期易基因小编为您介绍ChIP-seq的主要研究方向、研究思路(前期探索性实验、数据挖掘思路、下游实验设计)、并聚焦ChIP-...
(2)测序数据量 为了捕获所有真实的结合位点,而我们看不见摸不着,只能通过测序的reads去计算来帮助判断,因此测序reads的数量是一个决定因素。 需要多少reads呢? 这个取决于基因组的大小和感兴趣因子的结合方式(sharp regions for TFs and broad regions for histone marks)。哺乳动物中,鉴定TFs至少要满足10-20M,broa...
首先建一个DNA片段的测序文库，再通过测序平台进行高通量测序。测序后，将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进行分析。一般来说，测序的原始读取首先通过Fastqc（www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/）或Fastx-toolkit（http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/）进行质量控制，以去除接头和其它污染序列，...