(2)测序数据量 为了捕获所有真实的结合位点,而我们看不见摸不着,只能通过测序的reads去计算来帮助判断,因此测序reads的数量是一个决定因素。 需要多少reads呢? 这个取决于基因组的大小和感兴趣因子的结合方式(sharp regions for TFs and broad ...
在96孔板中加入细胞,经固定,染色后加入一抗与目标蛋白结合,随后加入ChIL探针(由二抗和ChIL DNA组成),探针中的ChIL DNA经Tn5转座酶整合到目标蛋白所在基因组DNA附近,随后T7 RNA 聚合酶经ChIL DNA中的启动子启动转录,以此处基因组DNA为模板合成RNA,经DNase I消化和裂解释放RNA,以纯化的RNA建库测序。 (3)Drop-ChI...
最开始，ChIP分析通常是将分离出的DNA片段与微阵列（称为ChIP-chip）进行杂交，以确定DNA片段在全基因组中的序列。然而，随着DNA测序技术的快速发展，与DNA测序技术相关的研究日益深入 ，发展出了利用高通量测序技术对ChIP中获得的DNA片段直接进行测序的技术称为ChIP-seq。由于更高的分辨率，ChIP-seq的覆盖率和特异性...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是一种用来在体内鉴定及分析基因组内部蛋白质-DNA 相互作用的有力研究技术。在ChIP的基础上,用二代测序检测ChIP实验的DNA产物,将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打...
ChIP-Seq测序 是将染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)与二代测序相结合的表观遗传研究技术,能够高效地在全基因组范围内对DNA和蛋白的相互作用进行检测,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 ChIP-seq Assay Kit for Histone Methylation(Laboratorytalk,2016)...
(2)测序数据量 为了捕获所有真实的结合位点,而我们看不见摸不着,只能通过测序的reads去计算来帮助判断,因此测序reads的数量是一个决定因素。 需要多少reads呢? 这个取决于基因组的大小和感兴趣因子的结合方式(sharp regions for TFs and broad regions for histone marks)。哺乳动物中,鉴定TFs至少要满足10-20M,broa...
在ChIP的基础上,用二代测序检测ChIP实验的DNA产物,将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 本期易基因小编为您介绍ChIP-seq的主要研究方向、研究思路(前期探索性实验、数据挖掘思路、下游实验设计)、并聚焦ChIP-...
染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因...
包含基本信息:测序平台的版本和相应的编码版本号、reads的数量、长度、GC含量等信息。 2、Per base sequence quality image-20210707160448002 所有碱基的测序质量的统计结果。 此图横轴是测序序列1-36个碱基。纵轴是质量得分,20表示0.01的错误率,30表示0.001。
在ChIP的基础上,用二代测序检测ChIP实验的DNA产物,将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 本期易基因小编为您介绍ChIP-seq的主要研究方向、研究思路(前期探索性实验、数据挖掘思路、下游实验设计)、并聚焦ChIP-...