最开始,ChIP分析通常是将分离出的DNA片段与微阵列(称为ChIP-chip)进行杂交,以确定DNA片段在全基因组中的序列。然而,随着DNA测序技术的快速发展,与DNA测序技术相关的研究日益深入 ,发展出了利用高通量测序技术对ChIP中获得的DNA片段直接进行测序的技术称为ChIP-seq。由于更高的分辨率,ChIP-seq的覆盖率和特异性相比ChI...
染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq): 主要用于蛋白质与DNA相互作用研究,采用特异抗体对目的蛋白进行免疫沉淀,分离与目的蛋白结合的基因组DNA片段,对其进行纯化和文库构建,再通过高通量测序的方法,在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段信息。(与外显子测序...
最开始,ChIP分析通常是将分离出的DNA片段与微阵列(称为ChIP-chip)进行杂交,以确定DNA片段在全基因组中的序列。然而,随着DNA测序技术的快速发展,与DNA测序技术相关的研究日益深入 ,发展出了利用高通量测序技术对ChIP中获得的DNA片段直接进行测序的技术称为ChIP-seq。由于更高的分辨率,ChIP-seq的覆盖率和特异性相比ChI...
(2)测序数据量 为了捕获所有真实的结合位点,而我们看不见摸不着,只能通过测序的reads去计算来帮助判断,因此测序reads的数量是一个决定因素。 需要多少reads呢? 这个取决于基因组的大小和感兴趣因子的结合方式(sharp regions for TFs and broad ...
关于易基因染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。
当然一般的Human或者mouse的ChIP-seq数据选择20 million的数据就已经足够了。测序量不够,一些比较弱的信号可能就会被噪音给盖住。 Q3 比对率达到多少是合格的? 一般来说,Illumina 测序的样品比例应该超过80%。不过也有例外,像IgG这样的非dna结合蛋白的标记率通常较低(约60%)。当然,这些数字也不是绝对的,不是说80...
ChIP-Seq即染色质免疫共沉淀-高通量测序,是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰等表观遗传学的研究提供有效方法。
ChIP-Seq测序 是将染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)与二代测序相结合的表观遗传研究技术,能够高效地在全基因组范围内对DNA和蛋白的相互作用进行检测,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 ChIP-seq Assay Kit for Histone Methylation(Laboratorytalk,2016)...
染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因...