首先视频免费共享在B站:【生信技能树】Chip-seq测序数据分析ChIP-SEQ实战演练的素材:链接:https://share.weiyun.com/53CwQ8B 密码:ju3rrh, 包括一些公司PPT,综述以及文献 ChIP-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 接下来是根据生信技能树课程、思维导图、PPT和综述...
将ChIP 与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq 技术,能够高效地检测全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。 ChIP-Seq 的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列...
整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的PPI分析、感...
注释:提取peak附近最近的基因, 注释peak所在区域。 比较:估计ChIP peak数据集中重叠部分的显著性;整合GEO数据集,以便于将当前结果和已知结果比较。 peak的覆盖情况;TSS区域结合的peak的平均表达谱和热图;基因组注释;TSS距离;peak和基因的重叠。 download packages source ("https://bioconductor.org/biocLite.R") bioc...
【Webinar】 ChIP & ChIP-Seq实验原理与成功要素及NGS测序数据分析解读 CST_Lifesciences 【生信技能树】全外显子测序数据分析重制课程-1-15 Apollo_胸外 58510 18:26 RNA-seq原理介绍 beryyyyyyy 4.1万261 中国科学院大学《高通量测序数据分析技术》
所以,我们测序测到20 M有效片段就够了。 至于ChIP-seq的生信分析流程,见下图: 在ChIP-seq实验中,做不做IgG呢? 我们的客户也经常说要做IgG,当然,可能是ENCODE上这么写了:Each ChIP-seq experiment should have a corresponding input or IgG control experiment with matching run type, read length, and replica...
首先视频免费共享在B站:【生信技能树】Chip-seq测序数据分析ChIP-SEQ实战演练的素材:链接:https://share./53CwQ8B 密码:ju3rrh, 包括一些公司PPT,综述以及文献 ChIP-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https:///doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 接下来是根据生信技能树课程、思维导图、PPT和综述文献整理的笔记。前面...
一般来说,初步比对的sam文件只能选取unique mapping的结果,所以我用了#samtools view -bhS -q 30,但是结果并没什么改变,有人说是peak caller这些工具本身就会做这件事,所以取决于你下游分析所选择的工具。 给大家看比对的日志吧: SRR1042593.fastq 16902907 reads; of these: ...
ChIP-seq高通量测序数据分析系统是由武汉康测科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2018SR155355,属于分类,想要查询更多关于ChIP-seq高通量测序数据分析系统著作的著作权信息就到天眼查官网!
说明,对用到的程序给出了如何使用的例子.对ChIP-Seq数据分析时每一步使用到的不同软件进行了介绍和 比较. 关键词:ChIP-Seq;新一代测序技术;数据分析管道 中图分类号:Q81;TP391文献标识码:A IntroductionofChIP-SeqTechnologyandDataAnalysis YangWei