染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理 甲醛处理细胞使目...
ChIP-seq技术能够提供更高的分辨率、更少的噪音和更大的覆盖范围,然而其只能在明确感兴趣的蛋白(或转录因子)后,才能针对性富集相应的DNA,因此,ChIP-seq需要与其他技术和方法相配合才能更好的进行表观基因组的研究。 (1)顺式调控元件 Promoter Enhancer/Super enhancer Silencer Operator (2)反式作用因子 转录因子 ...
ChIP-seq是基于抗体的免疫沉淀实验,因此它的数据质量好坏直接取决于抗体的质量和特异性。 另外,针对同一蛋白的不同抗体,可能会识别不同的表位(尤其是单克隆抗体)。因此建议针对同一感兴趣蛋白测试不同的抗体,通过Western blot检测knock-down前后的差异帮助选择。 (2)测序数据量 为了捕获所有真实的结合位点,而我们看不...
所以,我们测序测到20 M有效片段就够了。 至于ChIP-seq的生信分析流程,见下图: 在ChIP-seq实验中,做不做IgG呢? 我们的客户也经常说要做IgG,当然,可能是ENCODE上这么写了:Each ChIP-seq experiment should have a corresponding input or IgG control experiment with matching run type, read length, and replica...
图2：ChIP-seq信息分析流程示意图 （一）原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式，是高通量测序的...
染色质免疫沉淀-测序(Chip-sequencing,简称 Chip-seq)用于分析蛋白质与 DNA 的交互作用。此技术结合了染色质免疫沉淀(Chip)和高通量 DNA 测序,旨在鉴定与 DNA 结合的蛋白质位点,从而精确绘制全基因组上目标蛋白的结合区域。在 Chip-seq 出现之前,Chip-on-chip 技术是研究蛋白质-DNA 相互作用的常用方法。
chip-seq数据分析完整结果 chip seq分析 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性...
ChIP-Seq测序..不同DNA结合蛋白或者组蛋白修饰在基因组上的分布差异很大,因此通过ChIP-Seq对这些DNA结合蛋白或者组蛋白修饰进行研究对测序数据量的要求也有很大的差异。转录因子等反式作用因子的测序数据量要求10
首先建一个DNA片段的测序文库,再通过测序平台进行高通量测序。测序后,将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进行分析。一般来说,测序的原始读取首先通过Fastqc(www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/)或Fastx-toolkit(http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/)进行质量控制,以去除接头和其它污染序列,然后...