(ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打...
ChIP-Seq 高通量测序服务 Chip分析是一种鉴别蛋白结合已知启动子上DNA结合位点的有效方法,但若与高通量测序结全进而在全基因组水平上鉴别白质结合位点,会更显示威力。Chip分析是一种鉴别蛋白结合已知启动子上DNA结合位点的有效方法,但若与高通量测序结全进而在全基因组水平上鉴别白质结合位点,会更显示威力。
高通量测序后的下游实验验证方法——ChIP-seq篇#生信分析 #组蛋白 #甲基化 #生物信息学 #表观遗传学 - 易基因科技于20240626发布在抖音,已经收获了4个喜欢,来抖音,记录美好生活!
组蛋白H3第4位赖氨酸的甲基化修饰(H3K4)在进化上高度保守,是被研究最多的组蛋白修饰之一。 DNA亲和纯化测序DNA亲和纯化测序技术通过体外表达转录因子鉴定转录因子结合位点,不受抗体和物种限制,且具有高通量的优势。DAP-Seq将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合,不需要针对每个转录因子制备特异性抗体,所以具有...
是CHIP-seq的主流方案 ②自然染色质免疫沉淀方案 (native/N-ChIP) 采用微球菌核酸酶(MNase)裂解染色质以获取DNA片段(一般会得到147bp左右的片段) 自然结合,松散,容易失去联系(一般用于组蛋白修饰) 不存在表位掩蔽 是X-CHIP表位掩蔽严重时的备选方案 (2)CHIP-seq实验设计——偏差来源与对照样本的设置 ...
我们使用控制轨迹来验证ChIP-seq轨迹中的高浓度reads是由于蛋白质结合在那里,而不是因为大量reads映射到一个重复区域。统计上显著的峰值通常用矩形条表示在基因组轨迹上。 我们可以比较相同蛋白质在不同细胞类型中的峰值,比如肺和肾。或者, 如果我们不知道这个绿色的东西结合的特定DNA序列,我们可以猜测这是在所有的峰...
ChIP-seq高通量测序数据分析系统是由武汉康测科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2018SR155355,属于分类,想要查询更多关于ChIP-seq高通量测序数据分析系统著作的著作权信息就到天眼查官网!
ChIPQC是一个用来分析ChIP-seq数据的Bioconductor包,它整合了可视化以及统计分析,用以处理比对完成的bam文件(需要peak文件)。 这个包主要有两个函数: ChIPQCsample()函数负责对单个ChIP-seq数据进行质控生成报告 ChIPQC()函数可以对一组数据进行质控并生成报告 ...
【高通量测序常见问题及解答(三): ChIP测序】ChIP-seq(染色质免疫共沉淀,chromatin Immuno Precipitation Sequencing)是一种常用的研究蛋白质与核酸相互作用,以及蛋白质对基因表达调控的手段。问:1.谁能帮我做ChIP实验?2.一次ChIP要测多少数据?3.为什么要加Input? ... 请看长微博 长图...
ChIP-seq是将染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术,通过蛋白免疫相互作用,用抗体把和染色质相互作用的蛋白(如组蛋白、转录因子等)沉淀下来,捕捉到细胞内动态的、瞬时的蛋白质与DNA之间的相互作用,从而所获取与其相结合的DNA序列,确定各种转录影响因子以及非组蛋白染色体结合蛋白在染色质上的具体位置。