(ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
(1)根据通用型转录辅因子Med1在CHIP-seq实验中富集程度的高低,可以将增强子分为以下两类: typical enhancers(TE):长度为几百bp super enhancers(SE):长度几千bp (2)超级增强子的预测建立在增强子的基础上,可以看做增强子富集的区域。 (3)相比增强子,超级增强子区域具有更高的转录因子的密度,能够让转录效率提高达...
应用:ChIP 用来在空间上和时间上沿基因或基因组定位: 转录因子和辅因子结合作用 复制因子和 DNA 修复蛋白 组蛋白修饰和变异组蛋白 图:染色质免疫共沉淀(CHIP) 最常用的DPIs高通量测序技术——ChIP-seq 在ChIP的基础上,用二代测序检测ChIP实验的DNA产物,将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组...
ChIP-Seq 高通量测序服务 Chip分析是一种鉴别蛋白结合已知启动子上DNA结合位点的有效方法,但若与高通量测序结全进而在全基因组水平上鉴别白质结合位点,会更显示威力。Chip分析是一种鉴别蛋白结合已知启动子上DNA结合位点的有效方法,但若与高通量测序结全进而在全基因组水平上鉴别白质结合位点,会更显示威力。
高通量测序后的下游实验验证方法——ChIP-seq篇#生信分析 #组蛋白 #甲基化 #生物信息学 #表观遗传学 - 易基因科技于20240626发布在抖音,已经收获了4个喜欢,来抖音,记录美好生活!
CHIP-seq实验成功的关键问题 (1)抗体质量 ChIP-seq是基于抗体的免疫沉淀实验,因此它的数据质量好坏直接取决于抗体的质量和特异性。 另外,针对同一蛋白的不同抗体,可能会识别不同的表位(尤其是单克隆抗体)。因此建议针对同一感兴趣蛋白测试不同的抗体,通过Western blot检测knock-down前后的差异帮助选择。
ChIP-seq是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化、文库构建、测序;再将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。 什么是ATAC-Seq? ATAC-Seq是...