# 可以选择写一个shell脚本 # 把下面代码输入进去 #!/bin/bash # 也可以直接复制这些代码进行运行 path="/home/lm/Z_Projects/chipseq"# 可以cd路径或者手动cd # cd ${path}mkdir clean cat SRR_Acc_List.txt|whileread id;donohup fastp \-i ${path}/fastq/${id}.fastq.gz \-o ${path}/clean/...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
Chip-seq上游分析流程学习(一):https://mp.weixin.qq.com/s/STvjjNBtYXp-WecnrPcWdA Chip-seq上游分析流程学习(二):https://mp.weixin.qq.com/s/2iP7njVG3gAmJRIPcn9szg Chip-seq上游分析流程学习(三):https://mp.weixin.qq.com/s/aoI2GgPA5kh0pLPOuz0q6A 参考资料 生信技能树:https://mp.weixin...
||功能富集分析|`HOMER`|对差异峰进行功能富集分析,寻找转录因子的富集功能和通路。||结果可视化|`igv`|使用IGV等工具可视化峰和差异峰的分布,进一步分析结果。| 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 代码解释 1. 数据预处理 在进行Chip-seq数据分析之前,我们需要对原始测序数据进行质量控制。
通常不建议对拼接读取的数据(比如RNA-seq)使用此特性,因为它会在跳过的区域上扩展读取。默认参数为200。 5)compareinput to move0 to rpm.bedgraph:上一步做完差值后,可能会存在负值,所以这一步需要将其矫正为0,为之后的统计做准备。 $ awk '{if($4<0){$4=0};print}' <sample>.compareInput.bedgraph ...
CHIP-SEQ 分析流程,分析分为4步 质量控制,用的是Fastqc等 序列比对,Bowtie2或BWA peak calling, MACS peak注释, ChIPseeker CHIP数据分析所特有的步骤:peak calling: 染色体上信号波形的定义; 建立背景矫正模型; 建立搜索peaks的准则,即建立判断怎样可以是一个peak(一般会用到背景矫正模型中的背景值); ...
图1:ChIP-seq实验和分析工作流程。(A)样品制备和测序;(B)ChIP-seq标准分析流程。 (1)环境设置(Environmental setup) NGS分析的计算工具通过各种计算机语言编写,例如C++,R,Python,Java和Perl语言。每种语言都需要不同的设置方法。大多数在Linux系统上执行,也可以使用Linux的Mac终端和Windows Subsystem for Linux (WSL...
1软件安装及环境配置 2 sra数据下载(采取aspera下载) cd/mnt/f/Data/chip_seq/datafor((i=204;i<=209;i++));doascp-QT-v-i~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh-k1-T-l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR620${i}/SRR62...
(6)比较(3)和(4)两种系列软件结果的差异表达分析和聚类分析 (一)数据集选择 1、根据筛选标准(是否为RNA-seq数据、样本量、样本分类清晰程度、是否有sra原始数据),到GEO数据库中查找数据集。 数据ID:GSE111845 数据来源:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111845 ...