H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIPG和GBM特有的基因调控网络,然后通过调控网络来发现和预测新的疾病标志物和潜在的治疗靶点。 实验流程 image.png 使用...
将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
||功能富集分析|`HOMER`|对差异峰进行功能富集分析,寻找转录因子的富集功能和通路。||结果可视化|`igv`|使用IGV等工具可视化峰和差异峰的分布,进一步分析结果。| 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 代码解释 1. 数据预处理 在进行Chip-seq数据分析之前,我们需要对原始测序数据进行质量控制。
图1:ChIP-seq实验和分析工作流程。(A)样品制备和测序;(B)ChIP-seq标准分析流程。 (1)环境设置(Environmental setup) NGS分析的计算工具通过各种计算机语言编写,例如C++,R,Python,Java和Perl语言。每种语言都需要不同的设置方法。大多数在Linux系统上执行,也可以使用Linux的Mac终端和Windows Subsystem for Linux (WSL...
通常不建议对拼接读取的数据(比如RNA-seq)使用此特性,因为它会在跳过的区域上扩展读取。默认参数为200。 5)compareinput to move0 to rpm.bedgraph:上一步做完差值后,可能会存在负值,所以这一步需要将其矫正为0,为之后的统计做准备。 $ awk '{if($4<0){$4=0};print}' <sample>.compareInput.bedgraph ...
CHIP-SEQ 分析流程,分析分为4步 质量控制,用的是Fastqc等 序列比对,Bowtie2或BWA peak calling, MACS peak注释, ChIPseeker CHIP数据分析所特有的步骤:peak calling: 染色体上信号波形的定义; 建立背景矫正模型; 建立搜索peaks的准则,即建立判断怎样可以是一个peak(一般会用到背景矫正模型中的背景值); ...
1软件安装及环境配置 2 sra数据下载(采取aspera下载) cd/mnt/f/Data/chip_seq/datafor((i=204;i<=209;i++));doascp-QT-v-i~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh-k1-T-l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR620${i}/SRR62...
Chip-seq 分析流程可以分为两个模块: 前期的准备工作, 包括软件的安装,数据的下载(或是自己测序的数据); Chip实验和数据获取: 第一步: 将蛋白交联到DNA上。 也就是保证蛋白和DNA能够结合,找到互作位点。 第二步: 通过超声波剪切DNA链。 第三步: 加上附上抗体的磁珠用于免疫沉淀靶蛋白。抗体很重要 ...