将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
在ChIP-seq实验中，通常倾向于采用单端reads，因为ChIP-seq产生的DNA片段长度通常在200-600碱基对之间，这一长度相较于转录组测序所使用的片段要短得多。尽管在2015年之前，测序技术主要局限于短读长（最多36个碱基），但近年的技术进步已能支持长达100个碱基对的读长。至于ChIP-seq分析所需的读取次数，则因靶标...
● GTF:由于其与转录组分析软件的兼容性,通常用于RNA-seq数据的分析,如转录本的定量和差异表达分析。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # 笔者这边稍作了修改 path="/home/lm/Z_Projects/chipseq"mkdir-p ${path}/reference/hg38 nohup wget-O${path}/reference/hg38/gencode.v47.annot...
ChIP-Seq工作流程(图片来源于维基百科) 分析步骤 ChIP-Seq 数据分析是从 ChIP-Seq 实验生成的测序数据中进行处理和解释的过程。其目标是识别基因组中富集了感兴趣的蛋白质或特定组蛋白修饰的区域,称为峰(peaks),并分析其功能意义。ChIP-Seq 数据分析可以提供有关转录因子结合位点、组蛋白修饰以及其他 DNA 结合蛋白...
ChIP-seq分析的一般流程方法 现在ChIP-seq的数据基本是最常见的测序数据类型之一,主要有Transcription factor ChIP-seq和Histone ChIP-seq。前者是看转录因子的结合位置,后者是组蛋白修饰发生的位置。下面分享一下一般流程。 ChIP-seq 1.质控 (quality control)...
Chip-seq 分析流程可以分为两个模块: 前期的准备工作, 包括软件的安装,数据的下载(或是自己测序的数据); Chip实验和数据获取: 第一步: 将蛋白交联到DNA上。 也就是保证蛋白和DNA能够结合,找到互作位点。 第二步: 通过超声波剪切DNA链。 第三步: 加上附上抗体的磁珠用于免疫沉淀靶蛋白。抗体很重要 ...
5.可视化展示可以帮助更好地理解分析结果,但也要注意选择合适的可视化工具和展示方式。 6.通路富集分析只是一种初步的分析方法,还需要进一步的实验验证和生物学研究来深入了解蛋白质与DNA的相互作用机制。 以上是一个基本的ChIP-seq通路富集分析流程,具体的步骤和方法可能会因研究问题和数据特点而有所不同。在实际应用...
从零开始的ChIpseq数据分析的基本流程如下：安装相关软件：目的：为ChIpseq数据分析准备必要的工具。步骤：通过ssh连接实验室服务器，在服务器中安装hisat2、samtools、FastQC和fastp等软件。使用fastp去除接头：目的：清理测序数据，去除可能影响后续分析的接头序列。步骤：使用fastp命令，通过i参数指定输入文件...