ChIP-Seq数据分析是从 ChIP-Seq 实验生成的测序数据中进行处理和解释的过程。其目标是识别基因组中富集了感兴趣的蛋白质或特定组蛋白修饰的区域,称为峰(peaks),并分析其功能意义。ChIP-Seq 数据分析可以提供有关转录因子结合位点、组蛋白修饰以及其他 DNA 结合蛋白的信息,从而揭示基因调控和细胞过程的信息。 进行ChIP...
二:chip-seq的操作流程(粗略): (1)交联:通过添加交联剂将蛋白质与染色质中的DNA交联在一起,固定它们的相互作用状态。 (2)细胞核提取:提取细胞核,然后细胞核膜被打破,释放核内的染色质。 (3)染色质免疫沉淀:使用特异性抗体结合到目标蛋白质上,然后通过蛋白质A/G磁珠等手段将蛋白质-染色质复合物沉淀。 (4)...
确定蛋白质-DNA 结合位点:利用特异性抗体捕获蛋白质(例如组蛋白或转录因子),Chip-seq 能够揭示这些蛋白质在基因组上的结合区域 精确定位 RNA polymerase II 及转录因子结合位点:RNA polymerase II 是真核生物中负责转录蛋白质编码基因的主要酶,Chip-seq 有助于准确识别 RNA polymerase II 及其可能的同系物在基因组上...
其中文库构建流程:(1)DNA片段末端修复;(2)3’端加A碱基;(3)连接测序接头;(4)PCR扩增及DNA产物片段大小选择(一般为100-300bp,包括接头序列在内)。服务内容及说明 适用场景 TF ChIP-seq适用场景:1、确定转录因子在整个基因组上的结合位点,进一步分析结合位点的保守motif;2、确定转录因子调控的下游...
在分析CHIP-seq数据时,需要遵循一定的步骤和流程,内容主要包括数据准备、质粒提取、测序、碱基质量核查、序列对齐、拼接、建立peaks、转录因子结合位点的鉴定等,下文将详细介绍每一步的操作流程。 首先,CHIP-seq分析的数据准备工作是实验的第一步,准备的内容主要是两类:一类是含有DNA信号的样品和无DNA信号的对照样品,...
图1:ChIP-seq实验和分析工作流程。(A)样品制备和测序;(B)ChIP-seq标准分析流程。 (1)环境设置(Environmental setup) NGS分析的计算工具通过各种计算机语言编写,例如C++,R,Python,Java和Perl语言。每种语言都需要不同的设置方法。大多数在Linux系统上执行,也...
一、Chip-seq分析流程 二、数据、参考基因组、所需软件下载 1、参考基因组下载: 以二穗短柄草为例: https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=Bdistachyon https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=Bdistachyon# ...
ChIP-seq分析的一般流程方法 现在ChIP-seq的数据基本是最常见的测序数据类型之一,主要有Transcription factor ChIP-seq和Histone ChIP-seq。前者是看转录因子的结合位置,后者是组蛋白修饰发生的位置。下面分享一下一般流程。 ChIP-seq 1.质控 (quality control)...