组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 图4:具有生物学重复实...
在ChIP-seq中,通过高通量DNA测序分析,在所有设计中,实验样品中的ChIP信号将与从适当的对照染色质或对照免疫沉淀制备的类似处理的参考样品进行比较来确定假定富集的基因组区域。 不同的蛋白质类别与基因组具有不同的互作模式,需要不同的分析方法: 点源因子(Point-source factors)和某些染色质修饰定位于特定位置,产生高...
①TF ChIP-seq; Histone ChIP-seq; DNase-seq; Mint-ChIP-seq; FAIRE-seq; MNase-seq; ATAC-seq; snATAC-seq; DNase-HS; DNAme array; WGBS; RRBS; MeDIP-seq; Hi-C; intact Hi-C; in situ Hi-C; ChIA-PET; Repli-seq; Repli-chip; PAS-seq; WGS; ②total RNA-seq; polyA plus RNA-seq;...
而本工作首先对不同小鼠组织的DNase-seq和H3K27ac ChIP-seq数据进行差异信号分析,然后以每个组织中测序信号的差异程度定义组织的差别,比如DNase-seq数据所有峰中信号差异越大,那么两个组织的差别也越大。 下来,对所有组织的数据,同其他组织分别进行差异分析,按每个峰的差别程度对峰重新排序。如上图,本工作通过PCA对...
图5 Hi-C技术流程图(Lieberman-Aiden et al., 2009)。 ChIA-PET(Chromatin Interaction Analysis using Paired End Tag sequencing)将Hi-C与ChIP-seq结合,即在片段化DNA后使用特异性蛋白抗体富集DNA和蛋白质复合物,可以检测目的蛋白质的所有相互作用,同时该技术为了区分来自不同蛋白交联区域的序列,引入了双末端标签...
▲ DNase-Seq、FAIRE-Seq、ATAC-Seq、ChIP-Seq 和MNase-Seq 技术的作用方式（Mayer & Liu，2014）在ENCODE 计划中，科学家得到什么 ▋ 80%的基因组与生化有关 最初，科学家们曾经认为生物体内的基因组中，只有部分基因发挥着生物学功能；也就是说，存在着众多的所谓“垃圾基因”（junk DNA）。但随着ENCODE ...
Encode官方的ATAC数据分析流程 Encode不仅共享了大量的组学数据,还开源了自己的数据分析pipeline, ATAC的pipeline网址如下 https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline 提供了从原始的fastq数据开到,到peak caling结束的基础分析功能,尽管缺少了下游的差异分析和motfi分析,这套流程依然值得推荐。
ENCODE数据库中包含了许多转录因子的chip-seq数据,通过对chip-seq数据进行分析,可以预测得到该转录因子对应的靶基因数据。 通过整合多个转录因子的分析结果,就可以构建一个转录因子靶基因数据库,网址如下 http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/dataset/ENCODE+Transcription+Factor+Targets ...
图5 Hi-C技术流程图(Lieberman-Aiden et al., 2009)。ChIA-PET（Chromatin Interaction Analysis using Paired End Tag sequencing）将Hi-C与ChIP-seq结合，即在片段化DNA后使用特异性蛋白抗体富集DNA和蛋白质复合物，可以检测目的蛋白质的所有相互作用，同时该技术为了区分来自不同蛋白交联区域的序列，引入了双末端...
ENCODE计划的第三阶段(2012-2017)在前期利用CHIP-seq、RNA-seq等技术的基础上,增加了新的分析技术包括ChIA-PET以及Hi-C,用于绘制染色质的三维结构全景图。ENCODE计划的第二阶段和第三阶段在500多种细胞类型和组织中共计进行了9,239项实验(其中人类7,495项,小鼠1,744项),包括对转录区域、转录本可变剪接、蛋白/...