染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理 甲醛处理细胞使目...
在“ChIP-seq reveals broad roles of SARD1 and CBP60g in regulating plant immunity”一文中,作者通过染色质免疫沉淀测序发现,转录因子SARD1和CBP60g与大量编码植物免疫关键调控因子的基因启动子区结合。具体结果如下: 在自身启动子下表达SARD1-HA融合蛋白的sard1 cpb60g突变株中,病原体诱导的ICS1表达恢复到与c...
一、介绍ChIP-seq,测序方法ChIP 指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),seq 指的是二代测序方法作用:识别蛋白质与DNA互相作用情况原理:染色质免疫共沉淀 + 二代测序应用:常用于转录…
ChIP-seq技术是一种以研究蛋白质与染色体DNA的相互作用为主要目的的高通量数据分析手段,其实验部分主要包含染色质免疫共沉淀(ChIP)样本制备和深度测序(Deep Sequencing)两个部分。 1)ChIP实验基本步骤 ①甲醛交联整个细胞系(组织),即将目标蛋白与染色质连结起来; ...
表1:组蛋白ChIP-seq分析流程的inputs 表2:组蛋白ChIP-seq分析流程的outputs (3)流程指南 读长应至少为50个碱基对,鼓励更长的读长;分析流程可以处理低至25个碱基对的读长。可以配对或单端测序。 应注明使用的测序平台。不同的测序平台可能没有可比性。如HiSeq2000与HiSeq4000的重复不同,没有可比性。
测序深度:在发表的ChIP-Seq实验中,一般使用Illumina Genome Analyzer上一个lane产生的数据作为一个基本单位,目前一个lane大概是8-15million reads(2009数据)。判断足够的测序深度的标准是:当增加测序,得到更多的reads的时候不能发现更多的东西。应该这一准则到结合位点的数量上就是:进行测序,...
理解了上面的测序深度和覆盖度的概念,我们就可以根据它们来区分WGS,WES,RNA-seq组与ChIP-seq,简单地说就是搞清楚这些组学要测什么,而且测多深即可。 全外显子(Whole-exome sequencing): 首先外显子组(Exome)是指真核生物基因组中全部外显子区域的总和,包含了蛋白质合成最直接的信息。外显子 组测序(Exome-...
那么ChIP-seq实际上也就是染色质免疫共沉淀+二代测序的一个过程。ChIP用来确定蛋白质与DNA相互作用情况...
为了鉴定SARD1的靶向基因,作者利用抗HA的抗体在自身启动子下表达SARD1-HA融合蛋白的转基因植物上进行ChIP实验。免疫沉淀的DNA用Illumina测序。对ChIP测序(ChIP-seq)数据的分析显示了×20的基因组覆盖深度。 绘制基因组上每个位置的序列覆盖范围,以确定拟南芥基因组中的峰。基因区域的峰分析表明,大部分序列峰位于翻译...