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ChIP-seq 必须要避免的“坑” ChIP全称是染色质免疫共沉淀,就是用抗体吊取用甲醛交联过的染色质中的特异转录因子或者发生修饰的组蛋白,然后,用磁珠,琼脂糖珠,或者抗体包被板等策略将转录因子或组蛋白上交联上的DNA洗脱下来,然后去测序。说起来很简单,但是,这里边有很多“坑”,我们一一细数一下。 ChIP实验最初...
ChIP与下一代高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术具有成本低、效率高、检测的灵敏度和覆盖度高等优势,...
ChIP-Seq 高通量测序服务 Chip分析是一种鉴别蛋白结合已知启动子上DNA结合位点的有效方法,但若与高通量测序结全进而在全基因组水平上鉴别白质结合位点,会更显示威力。Chip分析是一种鉴别蛋白结合已知启动子上DNA结合位点的有效方法,但若与高通量测序结全进而在全基因组水平上鉴别白质结合位点,会更显示威力。
ChIP-seq测序(Chromatin Immunoprecipitation)是一种在全基因组范围内检测蛋白结合位置、组蛋白修饰发生位置的高通量技术,ChIP-seq能高分辨,低噪声,广覆盖的检测蛋白的结合位点,相比于传统的ChIP-chip技术,ChIP-seq对DNA的样品起始量要求为纳克级别,在经过蛋白DNA交联、片段化之后,通过特异性抗体对片段的富集,针对性的...
因为建库的标准操作流程就是,300-500bp的DNA片段最好是加接头和index的,建库的实验员只负责建库的成功率,他们不管你是做ChIP还是重测序,可能也确实是不懂吧。这里我贴两张图吧,一个是二次打断的,一个是正常的ChIP,比较一下就知道了。(上面两张图是理想的chip特异片段分布情况图,chip样本和input明显分开了。
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing,ChIP-Seq 一、介绍 染色质免疫共沉淀测序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing,ChIP-Seq)是指将深度测序技术与ChIP实验相结合分析全基因组范围内DNA结合蛋白结合位点、组蛋白修饰、特定转录因子的基因调控作用、核小体定位或DNA甲基化的高通量方法。随着新一代测序技术的发展和成...
ChIP-Seq测序与分析是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA 片段进行高通量测序,通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶...
对ChIP-seq测序数据进行分析,包括数据预处理、基因组比对、比对结果相关统计、对于基因组的覆盖和深度、富集peak检测、富集peak在启动子和不同基因功能区的分布统计、富集peak区段Fasta序列提取、motif查找、相关注释和富集分析(基因、CpG岛、GO和KEGG等)。