利用bedtools预测chip_seq数据的靶基因,欢迎关注”生信修炼手册”!通常在分析peak区域对应的靶基因时,会选取转录起始位点TSS上下游一定长度的区域
利用bedtools预测chip_seq数据的靶基因 欢迎关注”生信修炼手册”! 通常在分析peak区域对应的靶基因时,会选取转录起始位点TSS上下游一定长度的区域作为候选的靶基因范围,本文介绍下如何利用bedtools来对peak与TSS区域的overlap情况进行分析,从而得到靶基因,可以分为以下几步 1. 得到物种对应的TSS位点信息 以hg38为例,...
bedtools window -a hg39.tss.bed -b peak.bed -w 5000 -sm > overlap.txt 通过window这个命令,可以灵活的定义TSS上下游的区间,快速得到peak对应的靶基因。
bedtools window -a hg39.tss.bed -b peak.bed -w 5000 -sm > overlap.txt 通过window这个命令,可以灵活的定义TSS上下游的区间,快速得到peak对应的靶基因。