1. jimmy大神早前的帖子里用了ChIP-seq实战 和视频里不一样。 2.从GEO下载数据 可以详见手把手教你如何从GEO下载数据。 方法一:从网页下,需要在NCBI的GEO数据库中进入相应的GEO Series (GSE) study ID,如GSE42466。再选择要下载的样本GEO Sample (GSM) 样本ID,如GSM1041372 Ring1B_ChIPSeq。再点击RSA格式...
ChIP-seq(二):数据下载,过滤,比对 1数据获得 wget-c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/SRR002/086/SRR2086315/SRR2086315.sralite.1wget-c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/SRR002/086/SRR2086320/SRR2086320.sralite.1 2 ...
这一步跟自学其它高通量测序数据处理一样,就是仔细研读paper,在里面找到作者把原始测序数据放在了哪个公共数据库里面,一般是NCBI的GEO,SRA,本文也不例外,然后解析样本数,找到下载链接规律## step1 : download raw data cd ~ mkdir CHIPseq_test && cd CHIPseq_test mkdir rawData && cd rawData ## batch ...
该chip-seq数据其实隶属于一个大的实验项目组,其下载地址如下http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE52964 二:在根据实验项目地址找到所有实验数据的下载地址 这里面的测序数据有八个,下载地址分别如下,都是单端50bp的测序策略 三:构造脚本并下载 ...
6. ChIP-Seq的数据分析 - 提取基因组序列信息 - 转换 gene id - 计算genome 的 intron与exon长度 - 可视化基因结构 查看全部 请谨慎对待机构在平台外的宣传与承诺,课程信息以平台内发布为准,站外交易不受平台保护,请谨慎支付!查看详情 福利群进群及时获取优惠福利信息 ...
生信学霸揭秘生信分析的全流程!1. 下载数据选择数据源:常用的数据库有GEO、TCGA、ENSEMBL等。确定数据类型:根据研究需求选择适合的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等数据类型。数据下载工具:使用SRA To - 科研生信SCI于20240722发布在抖音,已经收获了1359个喜欢,来抖
综述探讨了当前生物信息学数据平台在软硬件上面临的挑战,并对 ChIP-chip 与 ChIP-seq 分析平台对于传统生物软件包以及生物数据的整合方法进行了讨论,最后总结了一系列用于数据质量控制和初步处理的流程以及该流程各个层面所需的工具软件, 论文写作课期末作业 综述题目: ChIP-chip与ChIP-seq数据处理方法与分析平台 姓名...
自学CHIP-seq 分析第三讲~公共测序数据下载 这一步跟自学其它高通量测序数据处理一样,就是仔细研读 paper,在里面找到作者把原始测序数据放在了哪个公共数据库里面, 一般是 NCBI 的 GEO,SRA,本文也不例外,然后解析样本数,找到 下载链接规律 ## step1 : download raw data cd ~ mkdir CHIPseq_test && cd CHIP...
这里是佳奥! 到了数据下载这一步,之前我都是在NCBI上直接用浏览器下载,不过有的数据寻找链接比较耗时,这一次开始我就使用sratoolkit来下载处理原始数据。 1 软件安...
这里以下载Hela细胞ChIP-seq数据为例说明。 首先根据前面的介绍我们知道了ChIP-seq的数据都在Functional genomic这一部分里,点击进入这一部分之后,得到下面界面: ENCODE Functional Genomics 得到下载的数据可以通过左边的搜索框确定,也可以通过右边的matrix点击相应的格子进入。