涵盖的数据包括ATAC-seq/ChIP-seq/eCLIP-seq/ChIA-PET/Hi-C等。 2. ENCODE数据下载过程 以eCLIP-seq数据下载为例 A. 搜索感兴趣的蛋白对应的eCLIP-seq数据 B.点击‘File details’进入下载区域 《我会在左侧Choose an assembly选择我对应需要下载的比对基因组》 C.点击Download all获得files.txt文件 files.txt...
网址是:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/ 因为是直接浏览文件,根据文件夹分类及文件名就可以任意方式下载自己感兴趣的数据啦,所以最对我胃口。 大家可能会比较习惯用UCSC提供的Genome Browser工具来可视化CHIP-seq的结果,而且Genome Browser里面非常多的选项可以控制各种在线资料是否跟你的数据...
从截图中也可以看到,虽然chip-seq数据有实验证据的支持,但是由于peak-calling的假阳性等问题,最终得到的靶基因的数量是非常多的,这其中的假阳性率不言而喻。 该网站的数据不仅可以浏览,也可以下载。对于单个转录因子的靶基因数据,可以通过如下API进行下载 http://amp.pharm./Harmonizome/api/1.0/gene_set/ARID3A/...
最近我要下200个ChIP-seq的数据,在下载的过程中发现,有的数据下载非常的慢!就像下面这种,我排除了大型机网络的问题,那么我应该咋办。。。?200多个大概有快100个数这种情况 解决方法: 如果GEO上有这个Encode数据的话,那么直接根据GEO号去找,然后下载GEO页面的文件,会提高一点下载的速度 找到GEO下载链接 然后找到自...
首先根据前面的介绍我们知道了ChIP-seq的数据都在Functional genomic这一部分里,点击进入这一部分之后,得到下面界面: ENCODE Functional Genomics 得到下载的数据可以通过左边的搜索框确定,也可以通过右边的matrix点击相应的格子进入。 这里我们点击了Hela S3对应的TF ChIP-seq方格之后进入以下界面: ...
从截图中也可以看到,虽然chip-seq数据有实验证据的支持,但是由于peak-calling的假阳性等问题,最终得到的靶基因的数量是非常多的,这其中的假阳性率不言而喻。 该网站的数据不仅可以浏览,也可以下载。对于单个转录因子的靶基因数据,可以通过如下API进行下载
从截图中也可以看到,虽然chip-seq数据有实验证据的支持,但是由于peak-calling的假阳性等问题,最终得到的靶基因的数量是非常多的,这其中的假阳性率不言而喻。 该网站的数据不仅可以浏览,也可以下载。对于单个转录因子的靶基因数据,可以通过如下API进行下载
从截图中也可以看到,虽然chip-seq数据有实验证据的支持,但是由于peak-calling的假阳性等问题,最终得到的靶基因的数量是非常多的,这其中的假阳性率不言而喻。 该网站的数据不仅可以浏览,也可以下载。对于单个转录因子的靶基因数据,可以通过如下API进行下载
组蛋白 ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 ChIP-seq是一种用于分析蛋白质与DNA互作的方法。ChIP-seq将染色质免疫沉淀与DNA高通量测序相结合,以推断DNA相关蛋白的可能结合位点。ENCODE Consortium开发了两个分析pipeline来研究两种不同类别...
组蛋白 ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 ChIP-seq是一种用于分析蛋白质与DNA互作的方法。ChIP-seq将染色质免疫沉淀与DNA高通量测序相结合,以推断DNA相关蛋白的可能结合位点。ENCODE Consortium开发了两个分析pipeline来研究两种不同类别的蛋白质-染色质互作(组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq)。组蛋白ChIP-...