组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 图4:具有生物学重复实验的转录因子ChIP-seq分析流程 图5:没有生物学重复实验的转录因子ChIP-se...
在ChIP-seq中,通过高通量DNA测序分析,在所有设计中,实验样品中的ChIP信号将与从适当的对照染色质或对照免疫沉淀制备的类似处理的参考样品进行比较来确定假定富集的基因组区域。 不同的蛋白质类别与基因组具有不同的互作模式,需要不同的分析方法: 点源因子(Point-source factors)和某些染色质修饰定位于特定位置,产生高...
3C、5C、Hi-C 及ChIA-PET 技术DNase-Seq、FAIRE-Seq、ATAC-Seq、ChIP-Seq 和MNase-Seq 技术WGBS 和RRBS 技术计算机生物学预测技术RNA-Seq 技术 ▲ DNase-Seq、FAIRE-Seq、ATAC-Seq、ChIP-Seq 和MNase-Seq 技术的作用方式（Mayer & Liu，2014）在ENCODE 计划中，科学家得到什么 ▋ 80%的基因组与生化有关 ...
从fastq到peak calling, 只需通过trim, mapping, peak calling三部曲即可,其他流程中可能就是3个步骤对应的软件跑一下,在Encode的这套流程中添加了更多的细节分析。 首先来看下基本的三部曲,通过cutadapt软件去除adapter和低质量序列,然后是bowitie2比对参考基因组,最后调用MACS2进行peak calling。 对于比对产生的原始b...
ATAC-seq/chip-seq 研究基因的转录调控 甲基化芯片来研究甲基化的调控作用 RNA-seq 来研究基因表达的变化 RIP-seq 研究在转录后调控的信息 我们可以通过ENCODE数据库来检索自己想要的数据。类似很多转录调控数据库也是在ENCODE数据库获得目标原始数据后,进行分析后构建的自己数据库。
2)从2008年至2012年,Phase 2引入了基于高通量测序的研究技术,如染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)和RNA-seq,这些技术可检测整个人类基因组和转录组。 3)从2013年至2016年,Phase 3扩大研究范围并增加了新型检测方法(图2),诸如通过配对末端标记(ChIA-PET)和Hi-C染色体构象捕获的染色质相互作用分析等方法揭示了染色质...
过去的工作有研究组发现差异H3K27ac信号同增强子活性呈高度正相关。而本工作首先对不同小鼠组织的DNase-seq和H3K27ac ChIP-seq数据进行差异信号分析,然后以每个组织中测序信号的差异程度定义组织的差别,比如DNase-seq数据所有峰中信号差异越大,那么两个组织的差别也越大。
ENCODE phase 2起包括:ChIP-seq, DNase I Hypersensitivity, RNA-seq和DNA methylation等 ENCODE phase 3和4陆续增加了包括ATAC-Seq, ChIA-PET, Hi-C, eCLIP-Seq等 完整列表请参考:https://www.encodeproject.org/profiles/experiment.json ENCODE的数据模型 (data model) ...
一、CHIP-Seq(染色质免疫沉淀-测序）二、各种测序文库构建方式三、RNA-Seq 一、染色质免疫沉淀-测序（ChIP-Seq）1.概述 ①染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二...
筛选完成后,点击右侧矩阵中的数字,可以查看筛选到的数据集。以转录因子CTCF的chip_seq数据为例,结果如下 对于每个数据集,提供了以下结果 1. 基本信息 给出了数据类型,样本对应的细胞系和组织类型,测序平台等基本信息,示意如下 2. 分析的pipeline 提供了该数据集所用的分析流程的描述文档,示意如下 ...