组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 图4:具有生物学重复实验...
在ChIP-seq中,通过高通量DNA测序分析,在所有设计中,实验样品中的ChIP信号将与从适当的对照染色质或对照免疫沉淀制备的类似处理的参考样品进行比较来确定假定富集的基因组区域。 不同的蛋白质类别与基因组具有不同的互作模式,需要不同的分析方法: 点源因子(Point-source factors)和某些染色质修饰定位于特定位置,产生高...
以转录因子CTCF为例,首先从ENCODE数据库下载CTCF的ChIP-seq数据。使用MACS2进行峰值调用,识别出CTCF的结合位点。然后使用ChIPseeker将这些结合位点注释到附近的基因上,得到CTCF的潜在靶基因列表。 4.2 功能富集分析 将CTCF的靶基因列表输入DAVID进行功能富集分析,发现这些基因显著富集在染色质组织、基因表达调控等生物过程中。
ATAC-seq/chip-seq 研究基因的转录调控 甲基化芯片来研究甲基化的调控作用 RNA-seq 来研究基因表达的变化 RIP-seq 研究在转录后调控的信息 我们可以通过ENCODE数据库来检索自己想要的数据。类似很多转录调控数据库也是在ENCODE数据库获得目标原始数据后,进行分析后构建的自己数据...
图5 Hi-C技术流程图(Lieberman-Aiden et al., 2009)。ChIA-PET（Chromatin Interaction Analysis using Paired End Tag sequencing）将Hi-C与ChIP-seq结合，即在片段化DNA后使用特异性蛋白抗体富集DNA和蛋白质复合物，可以检测目的蛋白质的所有相互作用，同时该技术为了区分来自不同蛋白交联区域的序列，引入了双末端...
与ENCODE ChIP-seq 的基准测试:将 CUT&Tag 与 ENCODE ChIP-seq 进行基准测试,发现限制分析区域到相应标记的峰区域时,两者的相关性显著增强。CUT&Tag 对 ENCODE 峰的平均召回率为 54%,不同样本和峰调用方法下有所差异。CUT&Tag 捕获的是最显著的 ENCODE 峰,且这些峰包含更多 ATAC-seq 读数。在较低测序深度下...
研究以K562细胞为模型，从抗体筛选到数据分析提供了全流程的优化策略，明确指出CUT&Tag与ENCODE ChIP-seq数据的一致性与差异，为推进表观遗传研究提供了可操作性的技术参考。PART.01研究亮点CUT&Tag可恢复半数ENCODE峰值通过38个新建数据集与已发表数据的综合分析，研究发现CUT&Tag平均可召回约54%的ENCODE组蛋白修饰...
过去的工作有研究组发现差异H3K27ac信号同增强子活性呈高度正相关。而本工作首先对不同小鼠组织的DNase-seq和H3K27ac ChIP-seq数据进行差异信号分析,然后以每个组织中测序信号的差异程度定义组织的差别,比如DNase-seq数据所有峰中信号差异越大,那么两个组织的差别也越大。
https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline 提供了从原始的fastq数据开到,到peak caling结束的基础分析功能,尽管缺少了下游的差异分析和motfi分析,这套流程依然值得推荐。 该流程同时支持有生物学重复和无生物学重复两种情况,对于有生物学重复的数据,分析的流程图如下 ...
一、CHIP-Seq(染色质免疫沉淀-测序）二、各种测序文库构建方式三、RNA-Seq 一、染色质免疫沉淀-测序（ChIP-Seq）1.概述 ①染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二...