1. jimmy大神早前的帖子里用了ChIP-seq实战 和视频里不一样。 2.从GEO下载数据 可以详见手把手教你如何从GEO下载数据。 方法一:从网页下,需要在NCBI的GEO数据库中进入相应的GEO Series (GSE) study ID,如GSE42466。再选择要下载的样本GEO Sample (GSM) 样本ID,如GSM1041372 Ring1B_ChIPSeq。再点击RSA格式...
ChIP-seq(二):数据下载,过滤,比对 1数据获得 wget-c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/SRR002/086/SRR2086315/SRR2086315.sralite.1wget-c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/SRR002/086/SRR2086320/SRR2086320.sralite.1 2 ...
这一步跟自学其它高通量测序数据处理一样,就是仔细研读paper,在里面找到作者把原始测序数据放在了哪个公共数据库里面,一般是NCBI的GEO,SRA,本文也不例外,然后解析样本数,找到下载链接规律## step1 : download raw data cd ~ mkdir CHIPseq_test && cd CHIPseq_test mkdir rawData && cd rawData ## batch ...
阅读文献并下载原始数据知illumina的Chip-seq数据 目录 一:阅读文献找到总实验项目 二:在根据实验项目地址找到所有实验数据的下载地址 三:构造脚本并下载 四:用sra-toolkit工具解压 正文 一:阅读文献找到总实验项目 该chip-seq数据其实隶属于一个大的实验项目组,其下载地址如下http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/que...
6. ChIP-Seq的数据分析 - 提取基因组序列信息 - 转换 gene id - 计算genome 的 intron与exon长度 - 可视化基因结构 查看全部 请谨慎对待机构在平台外的宣传与承诺,课程信息以平台内发布为准,站外交易不受平台保护,请谨慎支付!查看详情 福利群进群及时获取优惠福利信息 ...
自学CHIP-seq 分析第三讲~公共测序数据下载 这一步跟自学其它高通量测序数据处理一样,就是仔细研读 paper,在里面找到作者把原始测序数据放在了哪个公共数据库里面, 一般是 NCBI 的 GEO,SRA,本文也不例外,然后解析样本数,找到 下载链接规律 ## step1 : download raw data cd ~ mkdir CHIPseq_test && cd CHIP...
这里是佳奥! 到了数据下载这一步,之前我都是在NCBI上直接用浏览器下载,不过有的数据寻找链接比较耗时,这一次开始我就使用sratoolkit来下载处理原始数据。 1 软件安...
首先根据前面的介绍我们知道了ChIP-seq的数据都在Functional genomic这一部分里,点击进入这一部分之后,得到下面界面: ENCODE Functional Genomics 得到下载的数据可以通过左边的搜索框确定,也可以通过右边的matrix点击相应的格子进入。 这里我们点击了Hela S3对应的TF ChIP-seq方格之后进入以下界面: ...
前期准备至此结束,下一步便是下载实验数据。 (rnaseq) root 11:11:49 /home/kaoku/project/fly/refer $ ls -lh 总用量 50M drwxr-xr-x 2 root root 4.0K 6月 12 2020 bowtie2-index -rw-r--r-- 1 kaoku kaoku 6.5M 8月 22 10:40 Drosophila_melanogaster.BDGP6.32.107.chr.gtf.gz ...