一、可以通过在ebi(http://www./)中搜索SRA编号,然后用aspera直接下载fastq文件,详情参考本博客《Chip-seq流程报告》 二、然而有的数据在ebi上并没有提供fastq文件,这个时候就只能下载SRA文件,然后用sratoolkit中的fastq-dump进行转换 后文将详细介绍第二种方法 1、首先,进入GEO,以GSM2309041这套数据为例,找到需要...
经常需要在GEO中下载测序数据原始文件,得到sra编号之后,有两种方法下载: 一、可以通过在ebi(http://www.ebi.ac.uk/)中搜索SRA编号,然后用aspera直接下载fastq文件,详情参考本博客《Chip-seq流程报告》 二、然而有的数据在ebi上并没有提供fastq文件,这个时候就只能下载SRA文件,然后用sratoolkit中的fastq-dump进行转换...
如图,注意进入etc文件夹后,直接把密钥改成自己的 ascp-QT-l300m-P33001-i asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR135/016/SRR13579716/SRR13579716.fastq.gz.&&mv SRR13579716.fastq.gz SRR13579716_GSM5050374_Input_DNA_Mus_musculus_ChIP-Seq.fastq.gz 下载速度48M/s ...
经常需要在GEO中下载测序数据原始文件,得到sra编号之后,有两种方法下载:一、可以通过在ebi(http://www.ebi.ac.uk/)中搜索SRA编号,然后用aspera直接下载fastq文件,详情参考本博客《Chip-seq流程报告》 二、然而有的数据在ebi上并没有提供fastq文件,这个时候就只能下载SRA文件,然后用sratoolkit中的fastq-dump进行转换...
1.常规下载方式:prefetch 对于常规下载sra数据来说,NCBI提供了它自己的一套工具(SRA-Toolkit),其中用prefetch来下载数据,用fastq-dump来解压数据。 1.1 首先需要获取数据信息 一般来说,我们需要下载的数据都是来自于文献已经发表的,在文献中都会给一个GEO号,它长这个样子GSE106826。
GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample...
CRN(Cancer RNA-Seq Nexus):http://syslab4.nchu.edu.tw/ CRN有一个用户友好的网页界面,旨在促进癌症研究和个性化医疗。它是一个直观的数据探索的开放资源,提供编码-转录本/lncRNA表达谱,支持研究人员在癌症研究和个性化医学中产生新的假设。 03 肿瘤基因组数据库 ...
如果不是特别重要的数据,建议还是上传了立即release,否则还得单独写email去release。 多个fastq最好下载meta文件到本地,filename要拓展一下,否则后果很严重,很多fastq会被直接忽略。 顺序一定要对,先申请bioproject,然后biosample(关联一下),最后申请SRA(也要关联),一定要下载SRA meta的文件,拓展filename。
如果不是特别重要的数据,建议还是上传了立即release,否则还得单独写email去release。 多个fastq最好下载meta文件到本地,filename要拓展一下,否则后果很严重,很多fastq会被直接忽略。 顺序一定要对,先申请bioproject,然后biosample(关联一下),最后申请SRA(也要关联),一定要下载SRA meta的文件,拓展filename。
一、NCBI数据库及数据类型 向NCBI数据库提交数据可参考Submission Portal网页中所列数据库与工具，按照网 站提示及说明进行操作，可以在如下输入框中输入关键词查看相关信息。Array 1. NCBI常用数据库介绍 1）GenBank 网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ GenBank是美国国立卫生研究院（NIH）基因序列数据库...