这次用到的数据集是GSE274995,里面包含了3个样本的头颈部鳞癌细胞系(Cal27细胞)数据。 数据上传者采用的上游分析软件: 使用了Trimmomatic进行了数据质控;Bowtie2进行了比对分析;SAMtools处理比对后的BAM文件;MACS2用于Peaks Calling;bamCoverage转换为二进制的BigWig文件; 使用了hg19作为参考基因组,现在基本上首先使用GRC...
通过整合H3K27M和野生型标本的转录组(RNA-seq)、增强子景观(ChIP-seq)、基因组结构(Hi-C)和染色质可及性(ATAC-seq)数据集,鉴定了特异性肿瘤增强子和已知癌基因的调控网络。并且识别了导致潜在增强子劫持和基因共放大的基因组结构变异,包括A2M、JAG2和FLRT1。从而判断在DIPG和GBM之间异常的致癌基因表达与其他区...
> 注释:提取peak附近最近的基因,注释peak所在区域。 > 比较:估计ChIP peak数据集中重叠部分的显著性;整合GEO数据集,以便于将当前结果和已知结果比较。 > 可视化:peak的覆盖情况;TSS区域结合的peak的平均表达谱和热图;基因组注释;TSS距离;peak和基因的重叠。 ```code # 加载ChIPseeker、基因组注释包和bed数据 biocLi...
质量好的ChIP-Seq数据集倾向产生一个大的片段长度峰(fragment-length peak),下图展示了一个来自于人细胞CTCF(zinc-finger transcription factor)的强信号。如果有好的抗体,转录因子通常产生45,000~60,000个peaks。下图红色的垂直线表示主峰的真实位移,蓝色的垂直线处有一个小的起伏表示read lenngth。 strong signal ...
A.本研究ChIP-seq数据和已发表的ChIP-ChIP数据集之间的共有区域中,每个ChIP-seq peaks周围100 bp区域显著富集的DNA序列motif。 B.本研究ChIP-seq数据的特异性区域,每个ChIP-seq peaks周围100 bp区域显著富集的DNA序列motif。 (2)pho调控...
(A) 11个ENCODE ChIP-seq数据集,使用Peak-seq(0.01%FDR截止值)calling的peaks数。 (B) peaks calling和唯一比对reads数之间的关系,为11个ChIP-seq数据集calling peaks数。插图为HepG2细胞的MAFK数据集的peaks数据,该数据集是目前测序最深的ENCODE ChIP-seq数据集(由于相对于其他数据集的reads明显较大,因此单独显...
(A) 11个ENCODE ChIP-seq数据集,使用Peak-seq(0.01%FDR截止值)calling的peaks数。 (B) peaks calling和唯一比对reads数之间的关系,为11个ChIP-seq数据集calling peaks数。插图为HepG2细胞的MAFK数据集的peaks数据,该数据集是目前测序最深的ENCODE ChIP-seq数据集(由于相对于其他数据集的reads明显较大,因此单独显...
本研究ChIP-seq数据和已发表的ChIP-ChIP数据集之间的共有区域中,每个ChIP-seq peaks周围100 bp区域显著富集的DNA序列motif。 本研究ChIP-seq数据的特异性区域,每个ChIP-seq peaks周围100 bp区域显著富集的DNA序列motif。 (2)pho调控元件的再评估 图4:大肠杆菌野生型和ΔphoB菌株的RNA-seq分析。散点图显示野生型...
对这些数据集的分析和比较表明，温度诱导的差异剪接基因在H3K36me3中富集。此外，作者发现H3K36me3沉积的减少会导致温度诱导的选择性剪接的改变。最后的结果表明，组蛋白标记H3K36me3在剪接调控和植物对环境温度波动的可塑性方面发挥了关键作用。作者的发现为作物育种开辟了新的前景，从而更好地应对气候变化导致的...
(B) peaks calling和唯一比对reads数之间的关系,为11个ChIP-seq数据集calling peaks数。插图为HepG2细胞的MAFK数据集的peaks数据,该数据集是目前测序最深的ENCODE ChIP-seq数据集(由于相对于其他数据集的reads明显较大,因此单独显示)。数据集由细胞系和转录因子(例如细胞系HepG2,转录因子MAFK)表示。