尽管迅速积累的公开ChIPseq、DNase-seq和ATAC-seq数据是系统研究基因调控过程的宝贵资源,但缺乏标准化的提取、质量控制和分析程序阻碍了这些数据的广泛使用。为克服这一挑战,研究人员构建了Cistrome DB,该数据库中的所有数据都经过精心整理和简化分析处理,并通过全面的质量控制评估,为转录和表观遗传调控研究提供全面、实用...
GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 采用bowtie2将reads与基因组进行比对,并利用MACS,SISSRS等4款软件进行...
Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库,通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq 原始数据,采用统一的分析方法,用bwa比对参考基因组,然后采用macs2进行peak calling, 将分析的结果加以整合,做成了在线数据库,整个数据库的构建过程和功能模块示意如下 网址如下 h...
HOCOMOCO是专门研究人和小鼠的数据库,团队从超过5000个针对人类和小鼠转录因子的实验中获得的14000多套ChIP-Seq数据集,基于系统化的基序发现和交叉验证,展示了人类和小鼠转录因子结合模型。目前,HOCOMOCO 共收集了680个人和453个鼠转录因子的结合model,其中包含1302个单核苷酸和576个二核苷酸的位置权重矩阵。这种大规模的分...
尽管迅速积累的公开ChIPseq、DNase-seq和ATAC-seq数据是系统研究基因调控过程的宝贵资源,但缺乏标准化的提取、质量控制和分析程序阻碍了这些数据的广泛使用。为克服这一挑战,研究人员构建了Cistrome DB,该数据库中的所有数据都经过精心整理和简化分析处理,并通过全面的质量控制评估,为转录和表观遗传调控研究提供全面、实用...
ChIP-seq成本较高,ChIP芯片技术每个阵列的成本约为400-800美元,而ChIP-seq的成本为每通道1000-2000美元。 ChIP-seq在免疫沉淀中使用抗体,数据的质量很大程度上取决于抗体的质量。且不同供应商,不同批次之间差异较大。验证抗体质量过程费力且耗时。 ChIP-seq数据分析产生图谱中的峰需要与对照样品的相同基因座进行比较...
同济大学研究人员开发了人类和小鼠ChIP-seq和染色质可及性数据库：Cistrome DB，为转录和表观遗传调控研究提供了最全面的数据资源。相关研究成果发表在《Nucleic acids research》杂志上。第一版Cistrome DB在2017年发布，收集了2016年1月1日之前发布的ChIP-seq和染色质可及性数据，包括13,366个人类和9,...
FactorBook整合了ENCODE数据库中人和小鼠的chip_seq数据,以转录因子为中心,进行了转录因子motif分析, 与其他转录因子或者组蛋白修饰的关联分析,数据库网址如下 http://www.factorbook.org/mouse/chipseq/tf/ 在首页以矩阵的形式展现了数据分布,每一行代表一种转录因子,每一列代表一种细胞系,截图示意如下 ...
GTRD——基因转录调控数据库,是由人类和小鼠的ChIP-seq实验识别的转录因子结合位点(TFBS)的数据库。原始ChIP-seq的数据从ENCODE和SRA获得并进行统一处理:(i)使用Bowtie2比对; (ii)使用峰值探测软件MACS,SI***,GEM和PICS得到ChIP-seq峰值; (iii)相同的因子和软件,但不同的实验条件(细胞系,治疗等)得到的峰值被...
Chipseq数据库的建立 这里以小鼠为例子下载相应的注释文件,基因组版本为mm10 下载refGene.txt.gz 网址:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/ wgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/refGene.txt.gz 下载gene_info.gz文件...