染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序,使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。 来自同济大学的研究人员开发了人类和小鼠ChIP-seq和染色质可及性数据库:Ci…
GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 采用bowtie2将reads与基因组进行比对,并利用MACS,SISSRS等4款软件进行...
Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库,通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq 原始数据,采用统一的分析方法,用bwa比对参考基因组,然后采用macs2进行peak calling, 将分析的结果加以整合,做成了在线数据库,整个数据库的构建过程和功能模块示意如下 网址如下 h...
同济大学研究人员开发了人类和小鼠ChIP-seq和染色质可及性数据库：Cistrome DB，为转录和表观遗传调控研究提供了最全面的数据资源。相关研究成果发表在《Nucleic acids research》杂志上。第一版Cistrome DB在2017年发布，收集了2016年1月1日之前发布的ChIP-seq和染色质可及性数据，包括13,366个人类和9,...
HOCOMOCO是专门研究人和小鼠的数据库,团队从超过5000个针对人类和小鼠转录因子的实验中获得的14000多套ChIP-Seq数据集,基于系统化的基序发现和交叉验证,展示了人类和小鼠转录因子结合模型。目前,HOCOMOCO 共收…
ChIP-seq成本较高,ChIP芯片技术每个阵列的成本约为400-800美元,而ChIP-seq的成本为每通道1000-2000美元。 ChIP-seq在免疫沉淀中使用抗体,数据的质量很大程度上取决于抗体的质量。且不同供应商,不同批次之间差异较大。验证抗体质量过程费力且耗时。 ChIP-seq数据分析产生图谱中的峰需要与对照样品的相同基因座进行比较...
尽管迅速积累的公开ChIPseq、DNase-seq和ATAC-seq数据是系统研究基因调控过程的宝贵资源,但缺乏标准化的提取、质量控制和分析程序阻碍了这些数据的广泛使用。为克服这一挑战,研究人员构建了Cistrome DB,该数据库中的所有数据都经过精心整理和简化分析处理,并通过全面的质量控制评估,为转录和表观遗传调控研究提供全面、实用...
HOCOMOCO是专为研究人类和小鼠设计的数据库，基于对超过5000个针对两者转录因子的实验收集的14000多个ChIP-Seq数据集，通过系统化的基序发现和交叉验证，揭示了人类和小鼠转录因子的结合模型。HOCOMOCO目前汇集了680个人类和453个鼠的结合模型，包含了1302个单核苷酸和576个二核苷酸的位置权重矩阵。这大规模的...
百度试题 结果1 题目存放ChIP-seq分析得到的结合位点/区域信息的数据库属于二级数据库。()A、对B、错 相关知识点: 试题来源: 解析 A 反馈 收藏
Chipseq数据库的建立 这里以小鼠为例子下载相应的注释文件,基因组版本为mm10 下载refGene.txt.gz 网址:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/ wgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/refGene.txt.gz 下载gene_info.gz文件...