染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序,使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。 来自同济大学的研究人员开发了人类和小鼠ChIP-seq和染色质可及性数据库:Ci…
表1.ChIP-seq 公共数据库 04用于组蛋白修饰的ChIP-seq分析的技术考虑 ChIP分析的可靠性取决于抗体质量,包括特异性和信噪比(S/N)。由于来自非特异性抗体-DNA结合的假阳性富集位点可能会混淆分析,因此应使用多种抗体验证意外的ChIP-seq结果。 05读取映射 序列读取(FASTQ 或 CS...
Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库,通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq 原始数据,采用统一的分析方法,用bwa比对参考基因组,然后采用macs2进行peak calling, 将分析的结果加以整合,做成了在线数据库,整个数据库的构建过程和功能模块示意如下 网址如下 h...
HOCOMOCO留存了三个版本的数据资料,分为工具类、序列资料以及github脚本,,都可以下载。 HOCOMOCO转录因子结合模型数据库已成为哺乳动物转录调控序列分析的主要资源库之一,无论是查询转录因子或结合的基因,MoLoTool对DNA序列中HOCOMOCO结合位点的可视化定位。HOCOMOCOTFBS的预测功能到调控序列变体的注释都可为为研究添砖加瓦。
第一版Cistrome DB在2017年发布，收集了2016年1月1日之前发布的ChIP-seq和染色质可及性数据，包括13,366个人类和9,953个小鼠样本。2018年发布的更新版包含大约47,000个人类和老鼠样本，新增了约24,000个数据集。研究团队持续维护数据库，更新数据并开发新特性，以促进疾病和生物过程基因调控机制的研究...
ChIP-seq产生更精确的蛋白质结合位点列表和转录因子、增强子和序列基序的鉴定。也可分析染色质和组蛋白变体的核小体定位和翻译后修饰。 劣势: ChIP-seq成本较高,ChIP芯片技术每个阵列的成本约为400-800美元,而ChIP-seq的成本为每通道1000-2000美元。 ChIP-seq在免疫沉淀中使用抗体,数据的质量很大程度上取决于抗体的...
(2)从公共数据库中下载ChIP-seq数据 多个公共数据库可以下载组蛋白修饰ChIP-seq数据,如人内皮细胞表观基因组数据库,包含人体9种血管类型中获得的424个组蛋白修饰ChIP-seq和67个RNA-seq数据集,有包括reads、比对文件、bigwig文件和peaks表等多种数据类型可用,这些数据适合用作ChIP-seq分析的教学和测试数据(表1)。
多个公共数据库可以下载组蛋白修饰ChIP-seq数据,如人内皮细胞表观基因组数据库,包含人体9种血管类型中获得的424个组蛋白修饰ChIP-seq和67个RNA-seq数据集,有包括reads、比对文件、bigwig文件和peaks表等多种数据类型可用,这些数据适合用作ChIP-seq分析的教学和测试数据(表1)。
尽管迅速积累的公开ChIPseq、DNase-seq和ATAC-seq数据是系统研究基因调控过程的宝贵资源,但缺乏标准化的提取、质量控制和分析程序阻碍了这些数据的广泛使用。为克服这一挑战,研究人员构建了Cistrome DB,该数据库中的所有数据都经过精心整理和简化分析处理,并通过全面的质量控制评估,为转录和表观遗传调控研究提供全面、实用...
HOCOMOCO是专门研究人和小鼠的数据库,团队从超过5000个针对人类和小鼠转录因子的实验中获得的14000多套ChIP-Seq数据集,基于系统化的基序发现和交叉验证,展示了人类和小鼠转录因子结合模型。目前,HOCOMOCO 共收集了680个人和453个鼠转录因子的结合model,其中包含1302个单核苷酸和576个二核苷酸的位置权重矩阵。这种大规模的分...