近日,Nucleic Acids Research上在线发表了题为“PlantPAN3.0: a new and updated resource for reconstructing tranional regulatory networks from ChIP-seq experiments in plants”文章,报道了更新后的PlantPAN数据库,其不仅可以有效地应用于植物启动子中关键顺式和反式调控元件的预测,而且可以在特定条件下重建转录因子 ...
将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段,并进行纯化...
在第二阶段的ENCOD计划中引入了基于高通量测序的组学技术,如ChIP-seq、DNase-seq等。随着高通量测序技术的迅猛发展,调控组学数据呈爆炸式增长。如今,ENCODE官网已经更新至第五版,为研究人员提供宝贵的数据资源。然而,植物研究领域还没有类似于ENCODE计划的数据资源库,极大限制了植物功能基因组学的研究和应用。越来越多...
通过ChIP-seq分析,在全基因组范围内鉴定VlbZIP30直接结合的靶基因。ChIP-seq结果表明,VlbZIP30与包含ACGTG(G-box)的DNA序列结合。 结合ChIP-seq和RNA-seq数据结果,研究鉴定到VlbZIP30可能诱导的48个靶基因。通过ChIP-q PCR分析,证实了VlbZIP30直接与启动子中包含G-box元件的四个靶基因(VvNAC26、VvDHN1、VvGR...
蓝景科信专注于表观遗传学研究,已经找到替代ChIP-Seq的好方法:DNA亲和纯化测序DAP-Seq。已做材料:拟南芥,大豆,玉米,水稻,小麦,百脉根,苜蓿,枣,香蕉,毛果杨,胡杨。 在表观遗传学研究中,寻找转录因子的调控位点是困扰科学家的难题,经典的ChIP-Seq技术存在很多弊端,最主要的是抗体问题,对于非模式植物更难入手。与ChI...
(D)基于本研究CHIP-seq和RNA-seq数据库推导的HSFA1b分层调控网络。黄色节点是HSFA1b,红色节点是其结合的TF,蓝色节点是TF调控的下游差异表达基因。 (5)HSFA1b调控反义RNA基因(cisNAT)及其靶基因的表达 图6:HSFA1b调节顺式NAT基因及其靶基因表达
在第二阶段的ENCOD计划中引入了基于高通量测序的组学技术,如ChIP-seq、DNase-seq等。随着高通量测序技术的迅猛发展,调控组学数据呈爆炸式增长。如今,ENCODE官网已经更新至第五版,为研究人员提供宝贵的数据资源。然而,植物研究领域还没有类似于ENCODE计划的数据资源库,极大限制了植物功能基因组学的研究和应用。越来越多...
(D)基于本研究CHIP-seq和RNA-seq数据库推导的HSFA1b分层调控网络。黄色节点是HSFA1b,红色节点是其结合的TF,蓝色节点是TF调控的下游差异表达基因。 (5)HSFA1b调控反义RNA基因(cisNAT)及其靶基因的表达 图6:HSFA1b调节顺式NAT基因及其靶基因表达
在第二阶段的ENCOD计划中引入了基于高通量测序的组学技术,如ChIP-seq、DNase-seq等。随着高通量测序技术的迅猛发展,调控组学数据呈爆炸式增长。如今,ENCODE官网已经更新至第五版,为研究人员提供宝贵的数据资源。然而,植物研究领域还没有类似于ENCODE计划的数据资源库,极大限制了植物功能基因组学的研究和应用。越来越多...
首先使用模式植物拟南芥的转录因子(TF)ChIP-seq数据分析后发现,尽管这些数据产生于不同的实验条件,但是仍能观察到不同TF之间存在协同作用模块进而共同调控下游靶基因。在此基础上,进一步构建并分析了miRNA和转录因子协调作用的大尺度基因调控网络...