模式植物(以水稻和拟南芥为例)的ChIP-seq检测流程如下: 实验部分,首先通过甲醛处理细胞使DNA结合蛋白与DNA交联,然后裂解细胞,超声打断染色质使之称为小片段,再使用特定的蛋白质抗体进行蛋白质-DNA复合物的免疫沉淀。为了保证高质量的数据,抗体和阴性对照...
近年来,根据着丝粒存在特异组蛋白CENH3的特点,研究者建立了基于CENH3抗体的ChIP-seq的着丝粒分离分析方法,使得分离不同物种着丝粒DNA得以实现,并极大推动了着丝粒研究的深入开展。 在获得着丝粒ChIP-seq数据后,通过与基因组序列比对筛选,获得在基因组上具有单一拷贝的数据,并将其锚定到对应物种的基因组上,即可获得ChIP-...
该研究通过染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)揭示了H3K36me修饰对高温诱导的拟南芥植物的可变剪接(Alternative splicing ,AS)和开花具有重要的调控作用。
染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation,ChIP)可以利用目的蛋白特异性抗体与可溶性染色质免疫共沉淀,特异性地富集目的蛋白结合的DNA,并可利用染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq技术,检测植物转录因子结合位点、组蛋白修饰分布,有效地完成植物基因表达情况的研究。 本期易基因聚焦染色质免疫共沉淀高通量测序...
首先，植物基因组的复杂性是导致Chip-seq技术难以应用的主要原因之一。植物基因组中含有大量的重复序列、串联重复序列以及高GC含量等特征，这些特征会增加测序的难度和误差率。此外，植物基因组中的基因结构也非常复杂，包括多个外显子和内含子，这也会对测序和数据分析造成一定的困难。其次，植物细胞中存在大量的次级...
2023年6月,中国科学院庐山植物园黄铭坤与中国中医科学院中药研究所孙伟团队以共同通讯在Medicinal Plant Biology上发表了题为Establishmentof a convenient ChIP-seq protocol for identification of the histonemodification regions in the medicinal plant Andrographis paniculate的论文,报道简便高效的药用植物穿心莲组蛋白ChI...
ASF1缺失的asf1ab突变体表现出有缺陷遮荫诱导的下胚轴伸长。组蛋白调节同源物A(HIRA)参与SAS,并介导H3.3变体在染色质中沉积。RNA/ChIP-seq分析确定了ASF1直接调节部分PIF7靶基因。此外,通过PIF7-ASF1-HIRA调节模块介导遮荫引发基因激活,伴随H3.3的富集。
用抗GFP抗体,结合染色质免疫沉淀序列(ChIP-seq)技术,探索BAF60-CFP在光生植物中发挥其活性的基因座。确定了5853个BAF60-CFP结合峰,对应3729个基因。利用野生型植物的MNase-seq分析探讨了核小体区与BAF60富集位点的关系。BAF60-CFP峰与野生型幼苗核小体占有率有很大的反相关性。ATAC-Seq揭示了NFR(无核小体区)...
植物特异性组蛋白CENH3，尤其是其在活性着丝粒中的定位，成为表观遗传标记，对于理解着丝粒功能和进化至关重要。ChIP-seq技术结合分子生物学、细胞遗传学和生物信息学，通过抗体筛选，分离并定位着丝粒DNA，提供了深入研究的基础。常规方法因物种特异性难以处理重复序列，但CENH3抗体的ChIP-seq技术解决了这个...
该研究发现拟南芥细胞膜定位的类受体胞质激酶RLCK PBL19在几丁质诱导后通过其N端核定位序列(NLS)从胞膜转移到细胞核。该研究揭示了一个植物此前未知的几丁质信号分支,通过该信号几丁质诱导的PBL19 质膜-核易位协调其转录自调控和胞质的PBL19介导的EDS1磷酸化促进抗真菌免疫。爱基百客为其提供ChIP-seq的技术支持。