染色质免疫沉淀(ChIP)和高通量测序(ChIP-seq)是一种广泛应用于识别体内特定蛋白结合的DNA区域的方法。从ChIP-seq中获得的信息能够极大地促进我们对植物中转录因子、辅助因子和组蛋白修饰调控基因表达的机制的理解。 参考文献:http://doi.org/10.21775/cimb.027.171 12.30日(本周四)19:30 拥有近10年资深表观基因组...
该研究通过染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)揭示了H3K36me修饰对高温诱导的拟南芥植物的可变剪接(Alternative splicing ,AS)和开花具有重要的调控作用。
近年来,根据着丝粒存在特异组蛋白CENH3的特点,研究者建立了基于CENH3抗体的ChIP-seq的着丝粒分离分析方法,使得分离不同物种着丝粒DNA得以实现,并极大推动了着丝粒研究的深入开展。 在获得着丝粒ChIP-seq数据后,通过与基因组序列比对筛选,获得在基因组上具有单一拷贝的数据,并将其锚定到对应物种的基因组上,即可获得ChIP-...
首先，植物基因组的复杂性是导致Chip-seq技术难以应用的主要原因之一。植物基因组中含有大量的重复序列、串联重复序列以及高GC含量等特征，这些特征会增加测序的难度和误差率。此外，植物基因组中的基因结构也非常复杂，包括多个外显子和内含子，这也会对测序和数据分析造成一定的困难。其次，植物细胞中存在大量的次级代...
该研究发现拟南芥细胞膜定位的类受体胞质激酶RLCK PBL19在几丁质诱导后通过其N端核定位序列(NLS)从胞膜转移到细胞核。该研究揭示了一个植物此前未知的几丁质信号分支,通过该信号几丁质诱导的PBL19 质膜-核易位协调其转录自调控和胞质的PBL19介导的EDS1磷酸化促进抗真菌免疫。爱基百客为其提供ChIP-seq的技术支持。
ASF1缺失的asf1ab突变体表现出有缺陷遮荫诱导的下胚轴伸长。组蛋白调节同源物A(HIRA)参与SAS,并介导H3.3变体在染色质中沉积。RNA/ChIP-seq分析确定了ASF1直接调节部分PIF7靶基因。此外,通过PIF7-ASF1-HIRA调节模块介导遮荫引发基因激活,伴随H3.3的富集。
植物特异性组蛋白CENH3，尤其是其在活性着丝粒中的定位，成为表观遗传标记，对于理解着丝粒功能和进化至关重要。ChIP-seq技术结合分子生物学、细胞遗传学和生物信息学，通过抗体筛选，分离并定位着丝粒DNA，提供了深入研究的基础。常规方法因物种特异性难以处理重复序列，但CENH3抗体的ChIP-seq技术解决了这个...
6. Peaks基因组分布偏好性 7. 靶基因筛选及功能注释 8. motif分析 最后编辑于:2020.05.25 10:15:44 ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 ChIP-seq 更多精彩内容,就在简书APP "小礼物走一走,来简书关注我" 赞赏支持还没有人赞赏,支持一下 ...
在前期研究中,李兴旺课题组建立了植物高效eChIP-seq技术 (Zhao et al., 2020, Nat Commun),并通过分离高质量的细胞核,在水稻和油菜等作物中建立了细胞核CUT&Tag (nCUT&Tag)技术,可以快速高效分析植物组蛋白修饰特征(Ouyang et al., 2021, Front Plant Sci)。在本研究中,作者进一步将nCUT&Tag技术与基于微流...
ChIP 技术是利用抗原抗体结合的原理来反映蛋白质与基因组结合的情况，是目前唯一研究体内DNA 与蛋白质相互...