从图中也可以看出来这个数据库存放了chip-seq在内等很多测序数据 我们点击Data下的ChIP-seqmatrix 在新的页面你会看到有很多chip-seq的数据, 有人的也有小鼠的, 实验用到的细胞也有很多来源, 我么直接在搜索框搜HEK293搜到我们需要的关于HEK293细胞系(cell line)的实验数据,并选择研究小鼠转录因子的(Mus musculus...
在生信研究中,各式的seq数据一直是深受生信人喜爱的研究样本来源。Cistrome DB(Cistrome Data Browser)数据库收录了人类和小鼠的ChIP-seq数据,包括转录因子、染色质调控因子、组蛋白修饰等五万多个样本数据,是目前公认最全面的ChIP-seq数据库之一。而UCSC Genome Browser是当前业内最有名、应用最广泛的基因组浏览器。今...
Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库,通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq 原始数据,采用统一的分析方法,用bwa比对参考基因组,然后采用macs2进行peak calling, 将分析的结果加以整合,做成了在线数据库,整个数据库的构建过程和功能模块示意如下 网址如下 h...
基序分析研究称为峰或特定表观基因组区域(例如增强子位点)固有的序列特异性,并估计识别区域内可能的转录因子结合位点。通常,基序分析方法可以分为两种类型:从头发现基序,识别潜在的新结合基序;基序扫描,估计和排名提供的DNA序列与数据库中所有已知规范基序的相似性。ChIP-seq峰也可...
如果rescue和self consistency ratio均小于2,则实验成功。 其他指标 在没有定义阈值的情况下计算额外的指标,例如FRiP(fraction of reads in peaks),在比较类似实验时很有用。 以上为ENCODE数据库中组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq数据标准及处理流程是简要说明。
GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 采用bowtie2将reads与基因组进行比对,并利用MACS,SISSRS等4款软件进行...
以上为ENCODE数据库中组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq数据标准及处理流程是简要说明,老师如果有染色质免疫共沉淀ChIP-seq测序需求,可与易基因联系:0755-28317900。 参考来源: https://www.encodeproject.org/data-standards
此外，数据库还提供了一系列工具，如预测转录因子功能的Cistrome-GO，以及预测转录因子与基因组区域或已知peak结果重叠的分析功能。用户可直接访问Cistrome DB获取所需数据，访问地址为：cistrome.org/db。参考文献提供了更详细的研究背景和数据来源信息。如果有版权问题，可联系Cistrome DB官网处理。
ChIP-Atlas收集整理了SRA数据库中的大量chip_seq数据,并基于这些原始数据进行了后续分析,将分析结果整理成在线服务并发布,方便检索与查询,网址如下 https://chip-atlas.org/ 构建的流程如下 下载SRA原始数据,采用sratoolkit转换成fastq, 然后用bowtie2比对参考基因组,用macs2进行peak calling。官网提供了以下几个功能...
HOCOMOCO是专门研究人和小鼠的数据库,团队从超过5000个针对人类和小鼠转录因子的实验中获得的14000多套ChIP-Seq数据集,基于系统化的基序发现和交叉验证,展示了人类和小鼠转录因子结合模型。目前,HOCOMOCO 共收集了680个人和453个鼠转录因子的结合model,其中包含1302个单核苷酸和576个二核苷酸的位置权重矩阵。这种大规模的分...