染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序,使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。 来自同济大学的研究人员开发了人类和小鼠ChIP-seq和染色质可及性数据库:Ci…
基序分析研究称为峰或特定表观基因组区域(例如增强子位点)固有的序列特异性,并估计识别区域内可能的转录因子结合位点。通常,基序分析方法可以分为两种类型:从头发现基序,识别潜在的新结合基序;基序扫描,估计和排名提供的DNA序列与数据库中所有已知规范基序的相似性。ChIP-seq峰也可...
在生信研究中,各式的seq数据一直是深受生信人喜爱的研究样本来源。Cistrome DB(Cistrome Data Browser)数据库收录了人类和小鼠的ChIP-seq数据,包括转录因子、染色质调控因子、组蛋白修饰等五万多个样本数据,是目前公认最全面的ChIP-seq数据库之一。而UCSC Genome Browser是当前业内最有名、应用最广泛的基因组浏览器。今...
Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库,通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq 原始数据,采用统一的分析方法,用bwa比对参考基因组,然后采用macs2进行peak calling, 将分析的结果加以整合,做成了在线数据库,整个数据库的构建过程和功能模块示意如下 网址如下 h...
此外，数据库还提供了一系列工具，如预测转录因子功能的Cistrome-GO，以及预测转录因子与基因组区域或已知peak结果重叠的分析功能。用户可直接访问Cistrome DB获取所需数据，访问地址为：cistrome.org/db。参考文献提供了更详细的研究背景和数据来源信息。如果有版权问题，可联系Cistrome DB官网处理。
Cistrome DB(Cistrome Data Browser)数据库收录了人类和小鼠的ChIP-seq数据,包括转录因子、染色质调控因子、组蛋白修饰等五万多个样本数据,是目前公认最全面的ChIP-seq数据库之一。而UCSC Genome Browser是当前业内最有名、应用最广泛的基因组浏览器。今天大师姐就带着大家,尝试用这些网站探索特定修饰的组蛋白是否参与...
如果rescue和self consistency ratio均小于2,则实验成功。 其他指标 在没有定义阈值的情况下计算额外的指标,例如FRiP(fraction of reads in peaks),在比较类似实验时很有用。 以上为ENCODE数据库中组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq数据标准及处理流程是简要说明。
在没有定义阈值的情况下计算额外的指标,例如FRiP(fraction of reads in peaks),在比较类似实验时很有用。 以上为ENCODE数据库中组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq数据标准及处理流程是简要说明。 参考来源:https://www.encodeproject.org/data-standards http://www.egenetech.com...
我就以SRA数据库中一个癌细胞的ChIP-seq数据做展示。 ChIP-seq的数据是以read的方式存储的。一个数据集大约翰几百万个read。对于ChIP-seq数据的分析主要应用到包GAlignments,这个包要调用python下的Bioconductor 至于怎么用这个包将Raw数据转化成可以操作的read我在今后会分享给大家,如果感兴趣的也可以一些生物信息学...
图2:使用 ROADMAP组蛋白修饰数据的QC 分析。(A)六个组蛋白修饰和input样本的四个QC评分分布;(B)Roadmap表观基因组数据库的 117 种细胞类型的 H3K36me3 reads分布的 Pearson 热图。 (7)可视化 在为ChIP-seq数据开发了各种统计方法和质量指标后,reads分布的可视化检查可以有效直观地评估和分析所获得的数据。可以...