GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 采用bowtie2将reads与基因组进行比对,并利用MACS,SISSRS等4款软件进行...
HOCOMOCO留存了三个版本的数据资料,分为工具类、序列资料以及github脚本,,都可以下载。 HOCOMOCO转录因子结合模型数据库已成为哺乳动物转录调控序列分析的主要资源库之一,无论是查询转录因子或结合的基因,MoLoTool对DNA序列中HOCOMOCO结合位点的可视化定位。HOCOMOCOTFBS的预测功能到调控序列变体的注释都可为为研究添砖加瓦。
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 图4:具有生物学重复实验的转录因子ChIP-seq分析流程 图5:没有生物学重复实验的转录因子ChIP-se...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 图4:具有生物学重复实验的转录因子ChIP-seq分析流程 图5:没有生物学重复实验的转录因子ChIP-se...
组蛋白 ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 ChIP-seq是一种用于分析蛋白质与DNA互作的方法。ChIP-seq将染色质免疫沉淀与DNA高通量测序相结合,以推断DNA相关蛋白的可能结合位点。ENCODE Consortium开发了两个分析pipeline来研究两种不同类别...
转录因子ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 转录因子ChIP-seq (TF ChIP-seq) 处理流程适用于预测以点状方式结合的蛋白质,例如特定 DNA 序列或特定染色质结构。其中,IP标靶通常是已知或推定的转录因子或染色质重塑蛋白,也可以是 RNA 结合蛋白、其他 DNA 或染色质特异性因子。
HOCOMOCO是专为研究人类和小鼠设计的数据库，基于对超过5000个针对两者转录因子的实验收集的14000多个ChIP-Seq数据集，通过系统化的基序发现和交叉验证，揭示了人类和小鼠转录因子的结合模型。HOCOMOCO目前汇集了680个人类和453个鼠的结合模型，包含了1302个单核苷酸和576个二核苷酸的位置权重矩阵。这大规模的...
GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 ...
转录因子ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 转录因子ChIP-seq (TF ChIP-seq) 处理流程适用于预测以点状方式结合的蛋白质,例如特定 DNA 序列或特定染色质结构。其中,IP标靶通常是已知或推定的转录因子或染色质重塑蛋白,也可以是 RNA 结合蛋白、其他 DNA 或染色质特异性因子。
对于转录因子的chip_seq数据,我们通常会分析在TSS位点两侧的富集情况。这部分内容将转录因子peak的中心区域当做TSS, 看组蛋白修饰的数据在转录因子peak中心区域的富集情况,结果示意如下 不同颜色代表不同的组蛋白修饰 3. Motif Enrichment ...