ChIP-seq和转录组关联分析可以做以下2个方面的研究:1、DNA结合蛋白和基因表达调控:通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。2、组蛋白修饰和基因表达:ChIP-seq可以用于鉴定组蛋白修饰的位点,结合转录...
ChIP-seq和转录组关联分析可以做以下2个方面的研究:1、DNA结合蛋白和基因表达调控:通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。2、组蛋白修饰和基因表达:ChIP-seq可以用于鉴定组蛋白修饰的位点,结合转录...
研究发现，转录因子MeGI通过调控昼夜节律、水杨酸生物合成和类黄酮生物合成途径中的基因，影响油柿的性别控制功能。该研究使用ChIP-seq、DAP-seq、RNA-seq和EMSA等技术，结合油柿和拟南芥的实验，揭示了MeGI的调控机制。油柿MeGI基因能抑制拟南芥雄蕊的发育，通过ChIP-seq、DAP-seq和RNA-seq的联合分析，鉴定出...
哈工大开发-F2LncRNA:Chip-Seq数据中确定调控lncRNA的共同转录因子 通过lncRNA芯片和RNA测序的高通量基因组技术发现了一系列lncRNAs,但很少有人知道的这些lncRNA的转录调控网络。基于来自ENCODE数据库的转录因子(TF)CHIP-Seq峰列表和来自GENCODE数据库的注释的人类lncRNAs,哈尔滨工业大学研究人员开发了基于Web界面检索工具...
1、DNA结合蛋白和基因表达调控:通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。 2、组蛋白修饰和基因表达:ChIP-seq可以用于鉴定组蛋白修饰的位点,结合转录组数据可以了解这些修饰对基因表达的影响。
1、DNA结合蛋白和基因表达调控:通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。 2、组蛋白修饰和基因表达:ChIP-seq可以用于鉴定组蛋白修饰的位点,结合转录组数据可以了解这些修饰对基因表达的影响。
MADS转录因子的同源蛋白SEPALLATA3(SEP3)和AGAMOUS (AG)是调控拟南芥花发育分化的重要DNA结合蛋白。在雌蕊发育阶段,SEP3和AG形成异源四聚体,通过识别CArG-box序列来调控基因的表达。Seq-DAP-seq技术与ChIP-seq联合使用,可用于分析转录因子的DNA结合域与基因组的互作。
进一步地,研究者通过靶向亚硫酸盐测序TBS和染色质免疫沉淀ChIP实验,发现HOXD1基因启动子区域发生了DNA超甲基化,并与DNA甲基转移酶(DNMTs)的作用相关。此外,上调的HOXD1作为转录因子,ChIP-seq实验及RT-PCR结果显示HOXD1增加了骨形态发生蛋白BMP2和BMP6的转录表达。
ChIP-seq+转录组关联分析 ChIP-seq和转录组关联分析可以做以下2个方面的研究:1、DNA结合蛋白和基因表达调控:通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。2、组蛋白修饰和基因表达:ChIP-seq可以用于鉴定...
进一步地,研究者通过靶向亚硫酸盐测序TBS和染色质免疫沉淀ChIP实验,发现HOXD1基因启动子区域发生了DNA超甲基化,并与DNA甲基转移酶(DNMTs)的作用相关。此外,上调的HOXD1作为转录因子,ChIP-seq实验及RT-PCR结果显示HOXD1增加了骨形态发生蛋白BMP2和BMP6的转录表达。