GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 采用bowtie2将reads与基因组进行比对,并利用MACS,SISSRS等4款软件进行...
HOCOMOCO是专门研究人和小鼠的数据库,团队从超过5000个针对人类和小鼠转录因子的实验中获得的14000多套ChIP-Seq数据集,基于系统化的基序发现和交叉验证,展示了人类和小鼠转录因子结合模型。目前,HOCOMOCO 共收集了680个人和453个鼠转录因子的结合model,其中包含1302个单核苷酸和576个二核苷酸的位置权重矩阵。这种大规模的分...
ChIP-seq是一种广泛用于识别给定转录因子结合区域的技术。基于全球大量的ChIP-seq数据集积累,已建立了一些专有数据库。但是这些数据库没有集成来自不同ChIP-seq实验数据提供非冗余的转录因子结合位点(TFBSs)集。 为了弥补这个不足,研究人员开发了基因转录调控数据库:GTRD。GTRD从SRA、GEO、ENCODE等公共数据库中收集转录...
FactorBook整合了ENCODE数据库中人和小鼠的chip_seq数据,以转录因子为中心,进行了转录因子motif分析, 与其他转录因子或者组蛋白修饰的关联分析,数据库网址如下 http://www.factorbook.org/mouse/chipseq/tf/ 在首页以矩阵的形式展现了数据分布,每一行代表一种转录因子,每一列代表一种细胞系,截图示意如...
GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 ...
HOCOMOCO是专为研究人类和小鼠设计的数据库，基于对超过5000个针对两者转录因子的实验收集的14000多个ChIP-Seq数据集，通过系统化的基序发现和交叉验证，揭示了人类和小鼠转录因子的结合模型。HOCOMOCO目前汇集了680个人类和453个鼠的结合模型，包含了1302个单核苷酸和576个二核苷酸的位置权重矩阵。这大规模的...
TransmiR是收集转录因子(TF)-microRNA(miRNA)的数据库,通过它我们可以找到TF和miRNA之间的调控关系。现在TransmiR已经升级到2.0版本,从1045个出版物中手动整理了2852个TF-miRNA条目,并包括了源自ChIP-seq的TF-miRNA数据。目前,ransmiR v2.0包含3,730个文献策划的TF-miRNA法规,涵盖约623个TF,约785个miRNA,19种生物和...
FactorBook整合了ENCODE数据库中人和小鼠的chip_seq数据,以转录因子为中心,进行了转录因子motif分析, 与其他转录因子或者组蛋白修饰的关联分析,数据库网址如下 http://www./mouse/chipseq/tf/ 在首页以矩阵的形式展现了数据分布,每一行代表一种转录因子,每一列代表一种细胞系,截图示意如下 ...
Cistrome DB - human and mouse Chip-seq ReMap - human chipseq IHEC - 国际人类表观基因组联盟 ChIP-Atlas GTRD FactorBook 3D genome HiCUP Juicer Juicebox HiC-Pro 转录因子数据库 unibind - human转录因子结合位点 ChipBase - 转录因子调控网络
gtrd a database of transcription factor binding sites identified by chip-seq experiments.gtrd数据库chip-seq转录因子结合位点识别的实验 文档格式: .pdf 文档大小: 256.15K 文档页数: 7页 顶/踩数: 0/0 收藏人数: 0 评论次数: 0 文档热度: